Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,130,110 | T→C | A92A (GCT→GCC) | metL → | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,130,110 | 0 | T | C | 97.0% | 228.6 / ‑2.8 | 67 | A92A (GCT→GCC) | metL | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (34/31); total (35/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.15e-01 |
CCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAT > NC_000913/4129977‑4130244 | ccgccgccgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga > 2:208676/1‑139 (MQ=255) gccgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg < 1:1030662/139‑1 (MQ=255) gccgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg < 1:208676/139‑1 (MQ=255) cgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGAt > 2:619103/1‑139 (MQ=255) cTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAg > 1:606518/1‑139 (MQ=255) ttGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTg > 2:1128541/1‑139 (MQ=255) ttGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTg > 2:1519579/1‑139 (MQ=255) ttGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTg > 1:674452/1‑139 (MQ=255) ggTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCt > 1:1302311/1‑139 (MQ=255) ttGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg < 2:664753/106‑1 (MQ=255) ttGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg > 1:664753/1‑106 (MQ=255) aGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAgcgc > 2:1094803/1‑135 (MQ=255) aGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAgcgc < 1:1094803/135‑1 (MQ=255) aGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTgg > 2:557961/1‑139 (MQ=255) gACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga > 2:549417/1‑87 (MQ=255) gACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga < 1:549417/87‑1 (MQ=255) gACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg > 1:646606/1‑139 (MQ=255) aCCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg > 2:337147/1‑91 (MQ=255) aCCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg < 1:337147/91‑1 (MQ=255) aTCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga < 2:62060/82‑1 (MQ=255) aTCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga > 1:62060/1‑82 (MQ=255) ctctctGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCgctg > 1:982440/1‑132 (MQ=255) ctctctGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCgctg < 2:982440/132‑1 (MQ=255) tctGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGTCCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCg < 2:910849/139‑1 (MQ=255) cgcATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTAt < 1:557961/139‑1 (MQ=255) aTCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTaa < 2:606518/139‑1 (MQ=255) cAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAg < 1:666785/83‑1 (MQ=255) cAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAg > 2:666785/1‑83 (MQ=255) cAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCt > 1:547866/1‑110 (MQ=255) cAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCt < 2:547866/110‑1 (MQ=255) aGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAacga > 2:196124/1‑139 (MQ=255) aGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAacga > 2:342859/1‑139 (MQ=255) gTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAacgacg < 2:1406576/139‑1 (MQ=255) acaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAgt > 1:400694/1‑138 (MQ=255) acaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAgt < 2:400694/138‑1 (MQ=255) aaaCGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTa < 1:1519579/139‑1 (MQ=255) cGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGc > 1:685120/1‑139 (MQ=255) cTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCgg < 2:685120/139‑1 (MQ=255) tGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGa < 1:1242143/139‑1 (MQ=255) gTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCttt < 1:874084/70‑1 (MQ=255) gTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCttt > 2:874084/1‑70 (MQ=255) tCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAg > 2:1519788/1‑102 (MQ=255) tCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAg < 1:1519788/102‑1 (MQ=255) gTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg > 1:296950/1‑88 (MQ=255) gTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg < 2:296950/88‑1 (MQ=255) gCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTggcgg > 1:1397887/1‑84 (MQ=255) gCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTggcgg < 2:1397887/84‑1 (MQ=255) cGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACggg < 1:619103/139‑1 (MQ=255) aTCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGcc < 1:1217825/132‑1 (MQ=255) aTCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGcc > 2:1217825/1‑132 (MQ=255) cTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAg < 1:1128541/139‑1 (MQ=255) tGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTc < 1:66361/86‑1 (MQ=255) tGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTc > 2:66361/1‑86 (MQ=255) aTTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCg > 1:1060163/1‑91 (MQ=255) aTTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCg < 2:1060163/91‑1 (MQ=255) aGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCAtt > 2:1521979/1‑39 (MQ=255) aGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCAtt < 1:1521979/39‑1 (MQ=255) aGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGt < 2:674452/139‑1 (MQ=255) gTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGc > 1:637638/1‑139 (MQ=255) tCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTggcgg < 1:723186/68‑1 (MQ=255) tCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTggcgg > 2:723186/1‑68 (MQ=255) tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg > 1:197752/1‑68 (MQ=255) tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg < 2:197752/68‑1 (MQ=255) tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTaa < 1:254919/88‑1 (MQ=255) tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTaa > 2:254919/1‑88 (MQ=255) tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACg > 2:1376798/1‑139 (MQ=255) tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACAACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACg > 1:161693/1‑139 (MQ=255) ccgccgAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAt < 1:196124/139‑1 (MQ=255) ccgccgAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAt < 2:637638/139‑1 (MQ=255) ccgccgAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAt < 1:342859/139‑1 (MQ=255) | CCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAT > NC_000913/4129977‑4130244 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |