| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,950,558 | C→T | intergenic (+1/‑2) | ilvX → / → ilvG | uncharacterized protein/pseudogene, acetolactate synthase 2 large subunit, valine‑insensitive, acetolactate synthase II, large subunit, cryptic, interrupted |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,950,558 | 0 | C | T | 100.0% | 170.2 / NA | 53 | intergenic (+1/‑2) | ilvX/ilvG | uncharacterized protein/pseudogene, acetolactate synthase 2 large subunit, valine‑insensitive, acetolactate synthase II, large subunit, cryptic, interrupted |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (29/24); total (29/24) | |||||||||||
AAGCCTTAACGAACTAAGACCCCCGCACCGAAAGGTCCGGGGGTTTTTTTTGACCTTAAAAACATAACCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCT > NC_000913/3950426‑3950687 | aaGCCTTAACGAACTAAGACCCCCGCACCGAAAGGTCCGGGGGTTTTTTTTGACCTTAAAAACATAACCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAATTATGaa > 2:859935/1‑139 (MQ=255) aCTAAGACCCCCGCACCGAAAGGTCCGGGGGTTTTTTTTGACCTTAAAAACATAACCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAATTATGAATGGCGCACAgtg < 2:1380642/139‑1 (MQ=255) tAAGACCCCCGCACCGAAAGGTCCGGGGGTTTTTTTTGACCTTAAAAACATAACCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAATTATGAATGGCGCACAgtggg < 1:547249/139‑1 (MQ=255) ccGCACCGAAAGGTCCGGGGGTTTTTTTTGACCTTAAAAACATAACCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACAt > 1:1385460/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTCAGGACGGGGAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTgg < 1:984536/139‑1 (MQ=255) aGGACGGGGAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTg > 1:434093/1‑50 (MQ=255) aGGACGGGGAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTg < 2:434093/50‑1 (MQ=255) aGGACGGGGAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCggg > 2:233645/1‑54 (MQ=255) aGGACGGGGAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCggg < 1:233645/54‑1 (MQ=255) gggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCt > 2:79731/1‑139 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGcaca < 2:979340/51‑1 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGcaca > 1:979340/1‑51 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAaca > 2:1571606/1‑62 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAaca < 1:1571606/62‑1 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCggg < 1:858693/81‑1 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCggg > 2:858693/1‑81 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGt > 2:111056/1‑99 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGt < 1:111056/99‑1 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATg < 1:75416/107‑1 (MQ=255) ggAACTAATTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATg > 2:75416/1‑107 (MQ=255) | AAGCCTTAACGAACTAAGACCCCCGCACCGAAAGGTCCGGGGGTTTTTTTTGACCTTAAAAACATAACCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCT > NC_000913/3950426‑3950687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |