| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,268,487 | (T)7→8 | intergenic (+180/+322) | tyrB → / ← yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,268,480 | 1 | . | T | 95.8% | 146.0 / ‑0.4 | 48 | intergenic (+173/+329) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base T (24/22); total (25/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
CTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCT > NC_000913/4268353‑4268587 | cTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑tttttttttgg > 1:541602/1‑135 (MQ=255) tcgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTgg > 1:613528/1‑139 (MQ=255) cgtcgCTTTGACTCTTTCTGTATAGATGAATTTTTTGATGCCATCGTTCCACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCCTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGa > 2:529981/1‑139 (MQ=255) gtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAg > 2:197926/1‑139 (MQ=255) ttCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGtaataa < 2:613528/139‑1 (MQ=255) ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:843108/139‑1 (MQ=255) ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:582816/139‑1 (MQ=255) tttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGc < 1:1041181/139‑1 (MQ=255) gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTggg < 1:1003400/110‑1 (MQ=255) gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTggg > 2:1003400/1‑110 (MQ=255) atgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:534700/127‑1 (MQ=255) atgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:534700/1‑127 (MQ=255) atTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACTTCTAACCatta > 1:697077/1‑139 (MQ=255) gTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAg > 2:161980/1‑139 (MQ=255) cTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGa < 1:457967/91‑1 (MQ=255) cTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGa > 2:457967/1‑91 (MQ=255) cGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCgg > 2:1061600/1‑139 (MQ=255) tGATAGATAATATGCGTTTTTAGTTTTTTTTTTGTTAAGCTTTTTCCAATTATCTGGAATTCCTTTTCCTGTTTTTTTTTGGGTGGCGTTTTAATTTCTTCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCggg < 2:541602/139‑1 (MQ=255) tGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:250023/99‑1 (MQ=255) tGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:250023/1‑99 (MQ=255) ataataAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGCATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:616610/1‑93 (MQ=255) ataataAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:616610/93‑1 (MQ=255) ataataAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTa > 2:507448/1‑139 (MQ=255) cGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTg < 1:438402/70‑1 (MQ=255) cGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTg > 2:438402/1‑70 (MQ=255) cGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc < 2:77531/95‑1 (MQ=255) cGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCACAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc > 1:77531/1‑95 (MQ=255) tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTaataat < 1:501216/77‑1 (MQ=255) tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTaataat > 2:501216/1‑77 (MQ=255) tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAatat > 2:774929/1‑139 (MQ=255) gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 1:692467/1‑83 (MQ=255) gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:692467/83‑1 (MQ=255) agcttaacTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:169561/8‑81 (MQ=255) agcttaacTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:169561/74‑1 (MQ=255) ttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTaataat < 1:271620/75‑1 (MQ=255) ttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTaataat > 2:271620/1‑75 (MQ=255) ttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAAGTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTTGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATAttt > 2:1034865/1‑139 (MQ=255) aGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCt < 1:933104/139‑1 (MQ=255) ttttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATc < 2:647377/139‑1 (MQ=255) tttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATcc > 2:131199/1‑139 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtata < 2:622516/127‑1 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtata > 1:622516/1‑127 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTCCACATCTAACCATTATTAAATTtaataat < 1:850699/92‑1 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTCCACATCTAACCATTATTAAATTtaataat > 2:850699/1‑92 (MQ=255) ttATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCt < 1:131199/139‑1 (MQ=255) cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:7901/55‑1 (MQ=255) cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:7901/1‑55 (MQ=255) cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGt > 2:182658/1‑95 (MQ=255) cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGt < 1:182658/95‑1 (MQ=255) | CTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCT > NC_000913/4268353‑4268587 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |