| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,529,938 | G→A | pseudogene (2037/2037 nt) R6K (AGA→AAA) |
rhsE → ydcD → |
pseudogene, Rhs family putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,529,938 | 0 | G | A | 100.0% | 76.1 / NA | 25 | pseudogene (2037/2037 nt) R6K (AGA→AAA) | rhsE ydcD | pseudogene, Rhs family putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (10/15); total (10/15) | |||||||||||
TGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGA > NC_000913/1529830‑1530055 | tGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCt < 2:43271/139‑1 (MQ=255) ttGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTAt < 1:153401/139‑1 (MQ=255) tGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTAtt < 2:757527/139‑1 (MQ=255) gAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTAttt > 2:165595/1‑139 (MQ=255) aaTATAACACTGTTCAACTCTTCGCGTTAGATAGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAATGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATttgttg < 2:799600/139‑1 (MQ=255) tataACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTAttt > 2:890597/1‑133 (MQ=255) tataACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTAttt < 1:890597/133‑1 (MQ=255) acacTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTAcc < 2:871960/139‑1 (MQ=255) ctctTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTa > 1:247768/1‑104 (MQ=255) ctctTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTa < 2:247768/104‑1 (MQ=255) ttCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAAc < 2:1057710/139‑1 (MQ=255) cGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACaa > 2:731639/1‑139 (MQ=255) ataAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGAc > 2:700145/1‑139 (MQ=255) taAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACa < 1:165595/139‑1 (MQ=255) taAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACa < 1:700145/139‑1 (MQ=255) gATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACa > 2:460739/1‑131 (MQ=255) gATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACa < 1:460739/131‑1 (MQ=255) gcaaGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCaaa < 1:731639/139‑1 (MQ=255) ttCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGATTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTga > 2:679158/1‑139 (MQ=255) aGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCaaa > 1:897491/1‑127 (MQ=255) aGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCaaa < 2:897491/127‑1 (MQ=255) tCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACa > 2:480883/1‑92 (MQ=255) tCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACa > 2:590582/1‑92 (MQ=255) tCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACa < 1:590582/92‑1 (MQ=255) tCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACa < 1:480883/92‑1 (MQ=255) | TGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGA > NC_000913/1529830‑1530055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |