| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,842,141 | A→G | intergenic (‑6/‑230) | ynjH ← / → gdhA | DUF1496 family protein/glutamate dehydrogenase, NADP‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,842,141 | 0 | A | G | 97.1% | 110.4 / ‑4.4 | 34 | intergenic (‑6/‑230) | ynjH/gdhA | DUF1496 family protein/glutamate dehydrogenase, NADP‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (20/13); total (21/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
TGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGC > NC_000913/1842008‑1842272 | tGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCt > 2:38137/1‑139 (MQ=255) cgcTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAGATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTa > 1:640527/1‑139 (MQ=255) cgcTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTa > 1:407322/1‑139 (MQ=255) cgcTGACTGCCCCCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTa < 2:640527/139‑1 (MQ=255) cTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAAc < 2:554429/139‑1 (MQ=255) aaTGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTc > 1:439747/1‑73 (MQ=255) aaTGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTc < 2:439747/73‑1 (MQ=255) gTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGa > 1:640837/1‑92 (MQ=255) gTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGCAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGa < 2:640837/92‑1 (MQ=255) ccAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTa < 2:14252/139‑1 (MQ=255) tGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCAtt < 1:26880/129‑1 (MQ=255) tGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCAtt > 2:26880/1‑129 (MQ=255) tGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATgag > 1:509585/1‑139 (MQ=255) cTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTaa > 1:326067/1‑139 (MQ=255) acGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCttt > 1:960194/1‑139 (MQ=255) tggCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTAct < 2:980349/118‑1 (MQ=255) tggCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTAct > 1:980349/2‑119 (MQ=255) cGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTa > 1:233378/1‑53 (MQ=255) cGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTa < 2:233378/53‑1 (MQ=255) cGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCgg > 1:251749/1‑70 (MQ=255) cGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCgg < 2:251749/70‑1 (MQ=255) cGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTc > 1:566244/1‑139 (MQ=255) cGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTc > 1:264437/1‑139 (MQ=255) cGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTc > 2:1032445/1‑139 (MQ=255) ggCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGTTCCTTAACGTTATTGtctc < 1:701440/47‑1 (MQ=255) ggCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGTTCCTTAACGTTATTGtctc > 2:701440/1‑47 (MQ=255) cGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGtct < 2:55021/44‑1 (MQ=255) cGAACAATGCTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGtct > 1:55021/1‑44 (MQ=255) tGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTCCTGGGTCAtt > 2:1044823/1‑139 (MQ=255) cTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTa > 1:614291/1‑84 (MQ=255) cTCGACTCACAGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTa < 2:614291/84‑1 (MQ=255) acaGGGAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGc > 1:119996/1‑139 (MQ=255) ggAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCAtt < 1:91270/79‑1 (MQ=255) ggAGCTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCAtt > 2:91270/1‑79 (MQ=255) | TGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGC > NC_000913/1842008‑1842272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |