Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 183,620 | G→A | *386* (TAG→TAA) | cdaR → | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator, autoregulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 183,620 | 0 | G | A | 100.0% | 116.8 / NA | 37 | *386* (TAG→TAA) | cdaR | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator, autoregulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (19/18); total (19/18) |
AAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCT > NC_000913/183485‑183755 | aaaGGCGTTCTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTa < 2:633830/139‑1 (MQ=255) ttgttTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTa > 1:1075784/1‑139 (MQ=255) ttgttTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTa > 2:483359/1‑139 (MQ=255) tCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAggcg > 2:96931/1‑139 (MQ=255) cccTGGCGTATCGGCTTAATCGTATATCGCAACTGACCGGGCTTGATGTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TTAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc < 2:1075784/139‑1 (MQ=255) cccTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc < 1:483359/139‑1 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTa > 1:390409/1‑110 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTa < 2:390409/110‑1 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAgg > 1:181642/1‑126 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAgg < 2:181642/126‑1 (MQ=255) tCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGaa < 1:195098/139‑1 (MQ=255) gtataagagACAGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCAt > 1:12292/9‑117 (MQ=255) gtataagagACAGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCAt < 2:12292/109‑1 (MQ=255) aCTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAggc < 1:651282/99‑1 (MQ=255) aCTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGGTATGCGTTAAGGTTGAggc > 2:651282/1‑99 (MQ=255) aCCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGc > 2:942289/1‑139 (MQ=255) ccGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGcc < 1:942289/139‑1 (MQ=255) ggCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTa < 2:690670/63‑1 (MQ=255) ggCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTa > 1:690670/1‑63 (MQ=255) gTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGtt > 1:791088/1‑45 (MQ=255) gTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGtt < 2:791088/45‑1 (MQ=255) tATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc < 1:415153/62‑1 (MQ=255) tATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc > 2:415153/1‑62 (MQ=255) tACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGc < 2:411149/66‑1 (MQ=255) tACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGc > 1:411149/1‑66 (MQ=255) tACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 2:235519/1‑139 (MQ=255) tACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 1:393561/1‑139 (MQ=255) cAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc > 2:819203/1‑50 (MQ=255) cAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGc < 1:819203/50‑1 (MQ=255) aaGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCg < 1:96931/139‑1 (MQ=255) agCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTccc < 2:374748/46‑1 (MQ=255) agCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTccc > 1:374748/1‑46 (MQ=255) cGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGaa < 1:1061429/55‑1 (MQ=255) cGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGaa > 2:1061429/1‑55 (MQ=255) gTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCg < 2:222120/51‑1 (MQ=255) gTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCg > 1:222120/1‑51 (MQ=255) gTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCt > 1:666562/1‑139 (MQ=255) | AAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCT > NC_000913/183485‑183755 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |