| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,114,502 | C→T | *465* (TAG→TAA) | wcaM ← | colanic acid biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,114,502 | 0 | C | T | 98.4% | 192.7 / ‑3.6 | 61 | coding (1395/1395 nt) | wcaM | colanic acid biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/26); minor base . (1/0); total (35/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
TGTTCGATTTTTTTCGCCAGCATCAATTACCCTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATCTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATGAACATTTGCAAGAGACAGCAGTG > NC_000913/2114367‑2114632 | tGTTCGATTTTTTTCGCCAGCATCAATTACCCTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTAc > 1:368582/1‑139 (MQ=255) ccTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTAc > 1:756203/1‑109 (MQ=255) ccTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTAc < 2:756203/109‑1 (MQ=255) ccTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACCCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAAtc > 1:218607/1‑139 (MQ=255) tGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAAt > 1:225111/1‑125 (MQ=255) tGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAAt < 2:225111/125‑1 (MQ=255) aaTTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTTTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATCTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCATTTCCGGCAATCTAAAGTTAAtcttct > 2:338922/1‑139 (MQ=255) aaTTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCA‑TTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTtctc > 1:506677/1‑139 (MQ=255) aTTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCcaca < 2:368582/139‑1 (MQ=255) cTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTaa < 2:62704/139‑1 (MQ=255) tGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAAc > 2:966264/1‑139 (MQ=255) aaTTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTtctc < 1:651603/128‑1 (MQ=255) aaTTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATCGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTtctc > 2:651603/1‑128 (MQ=255) aCTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATg < 2:390941/139‑1 (MQ=255) gtgATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCcac < 1:317673/123‑1 (MQ=255) gtgATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCcac > 2:317673/1‑123 (MQ=255) gtgATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGa > 1:859184/1‑139 (MQ=255) gATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAA‑ATGGTGATTa > 2:188747/1‑139 (MQ=255) aCGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCt > 1:3172/1‑139 (MQ=255) cTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTGCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAAGCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGat > 1:651901/1‑139 (MQ=255) cTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGat < 1:966264/139‑1 (MQ=255) cTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGat < 2:859184/139‑1 (MQ=255) cTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGat > 1:912850/1‑139 (MQ=255) cGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATc > 1:69503/1‑139 (MQ=255) gATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTccc > 2:224909/1‑65 (MQ=255) gATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTccc < 1:224909/65‑1 (MQ=255) tGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCtt < 2:69503/139‑1 (MQ=255) gCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCttt > 1:570544/1‑139 (MQ=255) cAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTg < 2:3172/139‑1 (MQ=255) gTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTc < 2:570544/139‑1 (MQ=255) gTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTc < 2:316362/139‑1 (MQ=255) ttGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTaa < 1:629029/76‑1 (MQ=255) ttGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTaa > 2:629029/1‑76 (MQ=255) ttGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATg < 1:77846/98‑1 (MQ=255) ttGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATg > 2:77846/1‑98 (MQ=255) ttGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCttttt > 2:509533/1‑139 (MQ=255) ttGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCttttt > 1:400634/1‑139 (MQ=255) gTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTttca > 2:308734/1‑139 (MQ=255) gTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTttca > 2:369217/1‑139 (MQ=255) gTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTttca > 2:929221/1‑139 (MQ=255) gTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAAT‑TACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTttcat > 1:604005/1‑139 (MQ=255) tATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCa > 1:766655/1‑139 (MQ=255) tGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATg < 1:385551/85‑1 (MQ=255) tGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATg > 2:385551/1‑85 (MQ=255) aCTCCATTTTTCCAGGAATGGTTGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATGaa > 1:874077/1‑139 (MQ=255) aCTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTcc < 1:872837/69‑1 (MQ=255) aCTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTcc > 2:872837/1‑69 (MQ=255) aCTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATGaa > 1:83891/1‑139 (MQ=255) cTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATGAAc < 2:784689/139‑1 (MQ=255) cATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAAtcttc < 1:697744/62‑1 (MQ=255) cATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAAtcttc > 2:697744/1‑62 (MQ=255) cATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTtctc < 2:296531/64‑1 (MQ=255) cATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTtctc > 1:296531/1‑64 (MQ=255) tttCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATGAACATTTGCa < 1:369217/139‑1 (MQ=255) ccAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATGAACATTTGCAaga < 1:460777/139‑1 (MQ=255) ggAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATg > 1:988731/1‑69 (MQ=255) ggAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATg < 2:988731/69‑1 (MQ=255) tGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACCTTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATGAACATTTGCAAGAGAcagca < 2:218607/139‑1 (MQ=255) gTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAAtcttct > 1:637326/1‑47 (MQ=255) gTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAAtcttct < 2:637326/47‑1 (MQ=255) tCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATGAACATTTGCAAGAGACAGCAgtg > 2:207817/1‑139 (MQ=255) | TGTTCGATTTTTTTCGCCAGCATCAATTACCCTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATCTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATGAACATTTGCAAGAGACAGCAGTG > NC_000913/2114367‑2114632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |