| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,024,887 | C→T | S179S (AGC→AGT) | xanQ → | xanthine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,024,887 | 0 | C | T | 93.0% | 109.6 / 1.0 | 43 | S179S (AGC→AGT) | xanQ | xanthine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base T (20/20); total (21/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
CATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATGGGAGGGATCGCCATTGGGCTATGTGTCGG > NC_000913/3024757‑3025012 | cATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGtt < 2:694595/139‑1 (MQ=255) gCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTAc > 2:66404/1‑139 (MQ=255) cccTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACg > 2:559438/1‑139 (MQ=255) cTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGaa < 2:356696/139‑1 (MQ=255) tACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACAtct < 1:72690/139‑1 (MQ=255) cGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCg < 2:71120/139‑1 (MQ=255) gggTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGt < 1:559438/139‑1 (MQ=255) cTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGt < 1:802388/139‑1 (MQ=255) aCCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGttt > 1:419327/1‑139 (MQ=255) aGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCg < 1:431144/118‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gatCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCCGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGttt < 2:1053257/105‑1 (MQ=255) tCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAActgctg > 1:146160/1‑139 (MQ=255) gCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCg < 1:376319/139‑1 (MQ=255) ccTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCg < 2:620974/139‑1 (MQ=255) gATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACGGCTGTCGCAGTCCGTTg < 2:419327/139‑1 (MQ=255) aTTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTa > 1:463741/1‑55 (MQ=255) aTTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTa < 2:463741/55‑1 (MQ=255) aTTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGttt < 2:461468/97‑1 (MQ=255) aTTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGttt > 1:461468/1‑97 (MQ=255) aTTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATc > 1:95566/1‑111 (MQ=255) aTTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATc < 2:95566/111‑1 (MQ=255) tAAAGTCGGCATTATCGACTGTGGTGGAGGACTTGAAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGAAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCTGTTGCTa < 2:626987/139‑1 (MQ=255) aGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCg < 2:586928/123‑1 (MQ=255) aGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCg > 1:586928/1‑123 (MQ=255) gCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGa < 1:846077/99‑1 (MQ=255) gCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGa > 2:846077/1‑99 (MQ=255) gCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATggg > 2:904987/1‑139 (MQ=255) tCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATGGGAGGGAt < 2:368856/139‑1 (MQ=255) ggaTTTGCAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTAATTGGTTTTACTTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATGGGAGGGATCGCCATTGGGCTAt > 1:942770/1‑139 (MQ=255) cAGCCAAAAGCAGTGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATGGGAGGGATCGCCATTGGGCTATGTGTCgg < 1:904987/139‑1 (MQ=255) | CATTTATCTTGCCCTATTTACGTCGGGTTATTACGCCTACCGTCAGCGGTATTGTGGTACTGATGATCGGCTTAAGCCTGATTAAAGTCGGCATTATCGATTTTGGTGGAGGATTTGCAGCCAAAAGCAGCGGTACGTTCGGCAATTACGAACATCTCGGCGTTGGTTTATTGGTTTTAATTGTGGTGATCGGCTTTAACTGCTGTCGCAGTCCGTTGCTACGCATGGGAGGGATCGCCATTGGGCTATGTGTCGG > NC_000913/3024757‑3025012 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |