| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,984 | (G)7→9 | coding (1041/1245 nt) | sstT → | sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 1 | . | G | 97.4% | 130.3 / ‑3.2 | 38 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (15/22); total (15/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 2 | . | G | 81.6% | 108.5 / 18.6 | 38 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/5); new base G (13/18); total (15/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCT > NC_000913/3240843‑3241103 || ggcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTTCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTTCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg > 1:1013157/1‑139 (MQ=255)ggcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg > 1:846301/1‑139 (MQ=255)ggcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg > 2:858627/1‑139 (MQ=255) gcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑g < 1:259143/139‑1 (MQ=255) gcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑g < 2:1242213/139‑1 (MQ=255) gcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑g > 2:259143/1‑139 (MQ=255) gcgggcgCAGCAATAACTCTTACCCTGTCGACGCTGGCCGCGGTTAAAACGCCGGGTATTCCGGTCGATCTGGCCACGGCGGCGCTGTTGTGCGTGGTTGCTTCTCTGTGTGCCCGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑g > 2:1276340/1‑139 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTTTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑ggg > 2:1082965/1‑134 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggg > 1:1174160/1‑138 (MQ=255) ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑ggg < 1:1082965/134‑1 (MQ=255) cgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggt < 2:1135967/139‑4 (MQ=255) cgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggt < 2:1013157/139‑4 (MQ=255) caATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggtctctg < 1:1321962/139‑9 (MQ=255) caATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggtctctg < 1:7779/139‑9 (MQ=255) aTCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgct < 2:846301/139‑1 (MQ=255) tATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGa < 1:858627/139‑1 (MQ=255) aTTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgct < 2:149886/135‑1 (MQ=255) aTTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgct > 1:149886/1‑135 (MQ=255) tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATcc > 2:810075/1‑139 (MQ=255) tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATcc > 1:777324/1‑139 (MQ=255) aCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:436602/139‑1 (MQ=255) ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:810075/139‑1 (MQ=255) ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTATGGCGCATCCGGCGTTGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 2:777324/139‑1 (MQ=255) cGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:1061067/139‑1 (MQ=255) ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:1025341/1‑139 (MQ=255) tcgACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:1276340/137‑1 (MQ=255) gctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgctg > 2:374546/1‑119 (MQ=255) gctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgctg < 1:374546/119‑1 (MQ=255) ctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgct > 1:180997/1‑117 (MQ=255) ctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgct < 2:180997/117‑1 (MQ=255) cTGGTTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGaa < 1:1278248/139‑1 (MQ=255) cTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGaa < 2:1174160/139‑1 (MQ=255) tGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 2:711148/109‑1 (MQ=255) tGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa > 1:711148/1‑109 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggtct < 2:565351/93‑6 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggtct > 1:565351/1‑88 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCg > 2:204588/1‑139 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑GGGGGCGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTGCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGt < 2:851732/139‑1 (MQ=255) gctgctGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCg < 2:979799/139‑1 (MQ=255) tgctgTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa > 2:573441/1‑79 (MQ=255) tgctgTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:573441/79‑1 (MQ=255) ttGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt > 2:232623/1‑76 (MQ=255) ttGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt < 1:232623/76‑1 (MQ=255) cGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCg < 2:1025341/139‑1 (MQ=255) cGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCg > 2:570459/1‑139 (MQ=255) tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCg < 1:636000/139‑1 (MQ=255) tggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:906287/1‑68 (MQ=255) tggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:906287/68‑1 (MQ=255) tgtgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg > 1:812110/1‑50 (MQ=255) tgtgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg < 2:812110/50‑1 (MQ=255) tgtgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCttt > 1:81254/1‑110 (MQ=255) tgtgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCttt < 2:81254/110‑1 (MQ=255) tgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGaaa < 1:204588/139‑1 (MQ=255) tCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGGACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCt > 1:53661/1‑139 (MQ=255) || GGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCT > NC_000913/3240843‑3241103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |