| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 883,665 | IS1 (–) +9 bp | [mdfA] | [mdfA] | |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 19796 = | NA (NA) | 71 (1.310) | 43/206 | 0.2 | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 883673 | 0 (0.000) | coding (1/1233 nt) | mdfA | multidrug efflux system protein | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 258675 | NA (NA) | 53 (0.970) | 40/206 | 0.2 | 100% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 883665 = | 0 (0.000) | intergenic (‑277/‑8) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux system protein | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAAT > NC_000913/883536‑883811 | gcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcataaccGAAATtgcat > 1:496689‑M2/130‑139 (MQ=255) ggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATtgcatgc < 2:940962‑M2/12‑1 (MQ=255) gCGTAGCTATAATCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaact > 2:456483‑M2/1‑123 (MQ=255) aataatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgtttta < 2:75054‑M2/139‑33 (MQ=255) aataatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATGCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAACAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgtttta < 1:900893‑M2/139‑33 (MQ=255) aatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactcc < 1:1007826‑M2/116‑13 (MQ=255) aatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactcc > 2:1007826‑M2/1‑104 (MQ=255) gTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaa < 1:609780‑M2/115‑15 (MQ=255) gTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaa > 2:609780‑M2/1‑101 (MQ=255) gagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGtt > 1:98617‑M2/85‑139 (MQ=255) tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTTGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcc < 1:969018‑M2/139‑48 (MQ=255) tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATtgca > 1:837723/1‑92 (MQ=255) tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATtgca < 2:837723/92‑1 (MQ=255) tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat < 2:656573‑M2/98‑7 (MQ=255) gCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactcc > 1:797478‑M2/1‑91 (MQ=255) gCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactcc < 2:797478‑M2/103‑13 (MQ=255) gCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgact < 1:1007293‑M2/101‑11 (MQ=255) gCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgact > 2:1007293‑M2/1‑91 (MQ=255) cagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaccaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACtttt < 2:390729‑M2/61‑1 (MQ=255) tGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgat < 2:2526‑M2/105‑24 (MQ=255) tGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgat > 1:2526‑M2/1‑82 (MQ=255) tGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggta < 1:74060‑M2/86‑5 (MQ=255) gTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat > 2:256810‑M2/1‑80 (MQ=255) gTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat < 1:256810‑M2/86‑7 (MQ=255) aacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCtctgtc < 2:608873‑M2/72‑1 (MQ=255) aGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttt < 2:159767‑M2/105‑31 (MQ=255) aGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttt > 1:159767‑M2/1‑75 (MQ=255) cagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCtctgtctg > 1:762420‑M2/66‑139 (MQ=255) agaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTgg < 2:762420‑M2/75‑1 (MQ=255) aagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTccc < 2:559989‑M2/64‑1 (MQ=255) aagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTg > 2:492738‑M2/63‑139 (MQ=255) cAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactcc < 1:721069‑M2/82‑13 (MQ=255) cAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactcc > 2:721069‑M2/1‑70 (MQ=255) agccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATtgca < 1:258509‑M2/9‑1 (MQ=255) agccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATtgca > 2:258509‑M2/62‑70 (MQ=255) gagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGc < 2:295546‑M2/34‑1 (MQ=255) gagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGc > 1:295546‑M2/54‑87 (MQ=255) gCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaactt > 1:22612‑M2/1‑62 (MQ=255) agcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAAt > 2:175463‑M2/53‑139 (MQ=255) acctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCaaaa > 2:661595‑M2/50‑65 (MQ=255) acctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCaaaa < 1:661595‑M2/16‑1 (MQ=255) cctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTc > 2:556537‑M2/49‑139 (MQ=255) ccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTg < 2:60618‑M2/42‑1 (MQ=255) ccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTg > 1:60618‑M2/38‑79 (MQ=255) cTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat > 1:923124‑M2/1‑44 (MQ=255) cTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat < 2:923124‑M2/50‑7 (MQ=255) tacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGc > 1:1304182‑M2/32‑65 (MQ=255) tacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGc < 2:1304182‑M2/34‑1 (MQ=255) aaaCTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgat < 1:1265017‑M2/59‑24 (MQ=255) aaaCTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgat > 2:1265017‑M2/1‑36 (MQ=255) aaaCTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat > 1:461269‑M2/1‑36 (MQ=255) ctctGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:683137‑M2/69‑37 (MQ=255) ctctGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt > 2:683137‑M2/1‑33 (MQ=255) atcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCaa < 2:641700‑M2/106‑1 (MQ=255) atcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCaa > 1:641700‑M2/24‑129 (MQ=255) ctGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgac < 1:660709‑M2/40‑10 (MQ=255) tGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgt < 2:1097529‑M2/139‑110 (MQ=255) tGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccg < 2:1310078‑M2/79‑50 (MQ=255) gcgcGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcag < 2:546636‑M2/95‑67 (MQ=255) gcgcGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcag > 1:546636‑M2/1‑29 (MQ=255) gcgcGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactcc > 2:456236‑M2/1‑29 (MQ=255) gcgcGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactcc < 1:456236‑M2/41‑13 (MQ=255) gtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACtttt < 1:1042012‑M2/61‑1 (MQ=255) gtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACtttt > 2:1042012‑M2/20‑80 (MQ=255) cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgtagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgc < 1:881758‑M2/139‑112 (MQ=255) cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgc < 2:135630‑M2/139‑112 (MQ=255) cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatga < 1:462699‑M2/81‑54 (MQ=255) cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatga > 2:462699‑M2/1‑28 (MQ=255) cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgtt < 2:432416‑M2/57‑30 (MQ=255) cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgtt > 1:432416‑M2/1‑28 (MQ=255) cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaactt < 1:1028267‑M2/45‑18 (MQ=255) cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaactt > 2:1028267‑M2/1‑28 (MQ=255) 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cagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAAc > 1:1146964‑M2/11‑130 (MQ=255) cagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAAc < 2:1146964‑M2/120‑1 (MQ=255) gcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTg > 2:469376‑M2/9‑139 (MQ=255) catcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTgg < 2:711224‑M2/132‑1 (MQ=255) cGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcag < 1:326330‑M2/139‑127 (MQ=255) cGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcct > 2:476282‑M2/1‑13 (MQ=255) cGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcct < 1:476282‑M2/136‑124 (MQ=255) cGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtca < 1:601358‑M2/74‑62 (MQ=255) cGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccg < 1:1339535‑M2/62‑50 (MQ=255) cGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTgg < 1:492738‑M2/138‑1 (MQ=255) agaaATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgtagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcatcagatt > 2:881758‑M2/1‑10 (MQ=255) agaaATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttcc > 2:899710‑M2/1‑10 (MQ=255) agaaATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgctttatattcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttcc < 1:899710‑M2/108‑99 (MQ=255) aggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcaggttatg < 2:19373‑M2/139‑139 (MQ=255) | TAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAAT > NC_000913/883536‑883811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |