| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,997,689 | C→T | intergenic (‑89/+3) | insC1 ← / ← ygeQ | IS2 repressor TnpA/pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,997,689 | 0 | C | T | 100.0% | 233.6 / NA | 75 | intergenic (‑89/+3) | insC1/ygeQ | IS2 repressor TnpA/pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (38/37); total (38/37) | |||||||||||
GTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCA > NC_000913/2997560‑2997821 | gTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGc > 1:405295/1‑139 (MQ=18) aCGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc < 1:883412/139‑1 (MQ=21) aCGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc < 1:1125936/139‑1 (MQ=21) tCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTttct > 2:752757/1‑139 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |