| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,421,860 | T→C | L179S (TTA→TCA) | yhdY → | putative amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,421,860 | 0 | T | C | 100.0% | 141.6 / NA | 40 | L179S (TTA→TCA) | yhdY | putative amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (21/19); total (21/19) | |||||||||||
CCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGTTTATGTCTTCGGTCATGCTGCCGTTGTTTATG > NC_000913/3421724‑3421990 | ccACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCAc < 1:545610/139‑1 (MQ=255) ggCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTcgccg < 1:993311/139‑1 (MQ=255) ggCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTcgccg < 1:462003/139‑1 (MQ=255) gATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTcc > 2:329482/1‑139 (MQ=255) tATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGt > 2:555741/1‑126 (MQ=255) tATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGt < 1:555741/126‑1 (MQ=255) tGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTcg > 1:718033/1‑126 (MQ=255) tGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTcg < 2:718033/126‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAGCCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCGAACTTTTATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGa < 2:359274/139‑1 (MQ=255) gTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGAt > 1:1108707/1‑139 (MQ=255) cttttttGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGTCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGACGTTAGGTGGCCGCTCCCATATGCCGAtt > 2:867796/2‑139 (MQ=255) ggCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGa > 1:1147476/1‑139 (MQ=255) ggcgggcTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGgc > 2:118489/1‑139 (MQ=255) gcgggcTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGgcg < 1:118489/139‑1 (MQ=255) aCGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTa < 1:252106/118‑1 (MQ=255) aCGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTa > 2:252106/1‑118 (MQ=255) aCGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGc > 2:305560/1‑139 (MQ=255) aCTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGTGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCt > 2:1007978/1‑137 (MQ=255) aCTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGTGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCt < 1:1007978/137‑1 (MQ=255) aCTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGa > 1:275848/1‑139 (MQ=255) ttAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTa < 1:305560/139‑1 (MQ=255) tattGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGtt < 2:1108707/139‑1 (MQ=255) tatcGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGtt < 1:867796/139‑1 (MQ=255) tGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTcg > 1:436026/1‑57 (MQ=255) tGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTcg < 2:436026/57‑1 (MQ=255) tCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGTTTa > 2:267408/1‑139 (MQ=255) gTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATtgt > 1:608616/1‑71 (MQ=255) gTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATtgt < 2:608616/71‑1 (MQ=255) gggATTGCGTGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATtgtg > 1:903214/1‑69 (MQ=255) gggATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATtgtg < 2:903214/69‑1 (MQ=255) cGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGttt > 2:1056549/1‑125 (MQ=255) cGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGttt < 1:1056549/125‑1 (MQ=255) gcgcTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCg > 2:972253/1‑102 (MQ=255) gcgcTACCGTGGGGGATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCg < 1:972253/102‑1 (MQ=255) tgTGGGGGATCTTGCTGGCGGTATGTATCCCATCGCATATGCCGTTTGTGCTTTTCTTATCGGTCCTTTTTGGCGTGTTCTTGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGAATATGTCGTCGGTTATGCTGCCgttggt < 2:30127/138‑3 (MQ=255) gggggATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCg > 2:1037958/1‑92 (MQ=255) gggggATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCg < 1:1037958/92‑1 (MQ=255) gggggATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGTTTATGTCTTCGGTCATGCTGCCGTTGTTTAt > 2:391131/1‑139 (MQ=255) ggggATCTCACTGGCGTTAGTTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATCCTTGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGTTTATGTCTTCGGTCATGCTGCCGTTGTTTATg > 2:576234/1‑139 (MQ=255) gATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCg > 2:303643/1‑88 (MQ=255) gATCTCACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCg < 1:303643/88‑1 (MQ=255) tctcACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCg < 2:1196805/53‑1 (MQ=255) tctcACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCg > 1:1196805/1‑53 (MQ=255) tctcACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGgcg > 2:1307434/1‑76 (MQ=255) tctcACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGgcg < 1:1307434/76‑1 (MQ=255) tctcACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCg < 2:1150940/96‑1 (MQ=255) tctcACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCg > 1:1150940/1‑96 (MQ=255) | CCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTATCTTATCGGTCATTTTTATCGAATTCTGGCGCGGCGTGCCGCTGATTACCGTTCTGTTTATGTCTTCGGTCATGCTGCCGTTGTTTATG > NC_000913/3421724‑3421990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |