| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,765,829 | (C)5→4 | intergenic (‑53/‑89) | yfjM ← / → rnlA | CP4‑57 prophage, uncharacterized protein/CP4‑57 prophage, RNase LS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,765,825 | 0 | C | . | 100.0% | 297.8 / NA | 71 | intergenic (‑49/‑93) | yfjM/rnlA | CP4‑57 prophage, uncharacterized protein/CP4‑57 prophage, RNase LS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (36/35); total (36/35) | |||||||||||
AGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTC > NC_000913/2765712‑2765953 | aGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCa < 1:67961/123‑1 (MQ=255)aGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCa > 2:67961/1‑123 (MQ=255) tCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAAt > 1:1752974/1‑139 (MQ=255) tCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAAt < 2:420231/139‑1 (MQ=255) aGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAg < 1:599268/131‑1 (MQ=255) aGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAg > 2:599268/1‑131 (MQ=255) aGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCaa > 2:606887/1‑139 (MQ=255) ttGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATa < 1:1534193/139‑1 (MQ=255) ctgctTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATacac > 1:676368/1‑139 (MQ=255) ctgctTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATacac > 2:1633450/1‑139 (MQ=255) 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1:204601/1‑104 (MQ=255) ggTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAg < 2:204601/104‑1 (MQ=255) ccGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTc > 2:990623/1‑139 (MQ=255) aCGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGt > 2:1427283/1‑131 (MQ=255) aCGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGt < 1:1427283/131‑1 (MQ=255) tGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGTGTTTCCCCATATGt < 1:962591/139‑1 (MQ=255) tGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGt > 2:660788/1‑139 (MQ=255) tGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGt < 2:1752974/139‑1 (MQ=255) ggACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTa < 1:1804358/122‑1 (MQ=255) ggACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTa > 2:1804358/1‑122 (MQ=255) ccccATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGAt < 1:660788/139‑1 (MQ=255) cccATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGc > 1:1108524/1‑54 (MQ=255) cccATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGc < 2:1108524/54‑1 (MQ=255) cccATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATa < 1:507767/88‑1 (MQ=255) cccATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATa > 2:507767/1‑88 (MQ=255) cccATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATc < 2:676368/139‑1 (MQ=255) cccATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATc < 1:990623/139‑1 (MQ=255) tgGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATg > 1:1607762/1‑139 (MQ=255) gCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAAt > 2:76365/1‑68 (MQ=255) gCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAAt < 1:76365/68‑1 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGTAAATCAATaca > 1:1820/1‑74 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGTAAATCAATaca < 2:1820/74‑1 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCa > 1:1402704/1‑64 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCa < 2:1402704/64‑1 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCa < 2:1184760/64‑1 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCa > 1:1184760/1‑64 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCa > 1:863306/1‑139 (MQ=255) ccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGccc < 2:1250069/37‑1 (MQ=255) ccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGccc > 1:1250069/1‑37 (MQ=255) aGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAggg > 2:571946/1‑72 (MQ=255) aGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAggg < 1:571946/72‑1 (MQ=255) 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< 2:1687766/80‑1 (MQ=255) taGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCa > 1:1687766/1‑80 (MQ=255) taGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTc > 2:588166/1‑139 (MQ=255) taGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑GGGGGtatta > 2:1419823/1‑63 (MQ=255) taGTTGGAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑GGGGGtatta < 1:1419823/63‑1 (MQ=255) ggAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTa < 1:132237/64‑1 (MQ=255) ggAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTa > 2:132237/1‑64 (MQ=255) ggAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCat < 1:818166/76‑1 (MQ=255) ggAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCat > 2:818166/1‑76 (MQ=255) ggAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAg < 2:1006485/112‑1 (MQ=255) ggAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAg > 1:1006485/1‑112 (MQ=255) ggAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTc < 2:160621/134‑1 (MQ=255) ggAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTc > 1:160621/1‑134 (MQ=255) gAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTagag < 2:685236/66‑1 (MQ=255) gAGTG‑CCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTagag > 1:685236/1‑66 (MQ=255) | AGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTC > NC_000913/2765712‑2765953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |