| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,419,721 | (G)7→8 | intergenic (‑265/+44) | ydaG ← / ← racR | Rac prophage, uncharacterized protein/Rac prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,419,714 | 1 | . | G | 98.6% | 243.5 / ‑3.6 | 69 | intergenic (‑258/+51) | ydaG/racR | Rac prophage, uncharacterized protein/Rac prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (38/30); total (39/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
GAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCG > NC_000913/1419579‑1419847 | gAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑ggg < 1:816442/139‑1 (MQ=255)gAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑ggg < 2:334803/139‑1 (MQ=255) aTTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑gggggggg < 2:1011423/139‑2 (MQ=255) tGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑ggg < 1:1606338/99‑1 (MQ=255) tGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑ggg > 2:1606338/1‑99 (MQ=255) tGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCata > 1:1521275/1‑139 (MQ=255) tGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCat < 1:394483/138‑1 (MQ=255) tGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCat > 2:394483/1‑138 (MQ=255) ataGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagttt > 2:1487474/1‑139 (MQ=255) taGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt < 1:841072/122‑1 (MQ=255) taGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt > 2:841072/1‑122 (MQ=255) ggTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagtttaag > 2:1421109/1‑139 (MQ=255) aaTGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt > 1:1546646/1‑117 (MQ=255) aaTGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt < 2:1546646/117‑1 (MQ=255) tGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt > 1:1563742/1‑115 (MQ=255) tGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt < 2:1563742/115‑1 (MQ=255) attgattgTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑ggg < 1:778125/75‑1 (MQ=255) 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1:994662/84‑1 (MQ=255) aaTAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCatat > 1:583906/1‑109 (MQ=255) aaTAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCatat < 2:583906/109‑1 (MQ=255) tAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTgg < 2:1521275/139‑1 (MQ=255) gCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCtt < 1:1487474/139‑1 (MQ=255) aTGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt > 2:773441/1‑91 (MQ=255) aTGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt < 1:773441/91‑1 (MQ=255) aTGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTcc > 1:545854/1‑114 (MQ=255) aTGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTcc < 2:545854/114‑1 (MQ=255) tGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt > 1:1459960/1‑90 (MQ=255) tGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGt < 2:1459960/90‑1 (MQ=255) gCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCg > 2:160670/1‑139 (MQ=255) gCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑gggggggg > 1:1241043/1‑59 (MQ=255) gCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑gggggggg < 2:1241043/60‑2 (MQ=255) ccTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGt < 2:301883/139‑1 (MQ=255) aTGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGGGTTTTCCGTCAGACCatat > 1:90826/1‑94 (MQ=255) aTGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCatat > 1:1538006/1‑94 (MQ=255) aTGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCatat < 2:1538006/94‑1 (MQ=255) aTGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCatat < 2:90826/94‑1 (MQ=255) ttGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCa > 1:1165563/1‑139 (MQ=255) aGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAaga > 1:368817/1‑139 (MQ=255) gCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAagag < 2:1327724/139‑1 (MQ=255) tAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGtttt > 1:368565/1‑68 (MQ=255) tAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGtttt < 2:368565/68‑1 (MQ=255) tAACCTAATAGGCGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAAGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGGTTTTTTGATGTTCTTGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCttt > 1:85680/1‑139 (MQ=255) gATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCa > 2:426618/1‑61 (MQ=255) gATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCa < 1:426618/61‑1 (MQ=255) gATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGa > 1:473439/1‑131 (MQ=255) gATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGa < 2:473439/131‑1 (MQ=255) gATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTAcc > 1:703421/1‑139 (MQ=255) 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aTGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCtt > 1:161202/1‑103 (MQ=255) aTGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTAccc > 2:47654/1‑139 (MQ=255) aTGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTAccc > 1:228346/1‑139 (MQ=255) ggCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATaa > 2:1271228/1‑35 (MQ=255) ggCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATaa < 1:1271228/35‑1 (MQ=255) gCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTTCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGGTCTGGCTTTTTCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACt < 2:1165563/139‑1 (MQ=255) gCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTc < 2:639219/77‑1 (MQ=255) gCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTc > 1:639219/1‑77 (MQ=255) 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GAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGAT‑GGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCG > NC_000913/1419579‑1419847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |