Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 1,286,984 | G→A | intergenic (+458/+82) | narI → / ← rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,286,984 | 0 | G | A | 100.0% | 273.4 / NA | 98 | intergenic (+458/+82) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (47/51); total (47/51) |
CGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTT > NC_000913/1286851‑1287118 | cGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa > 1:1000995/1‑139 (MQ=255) cGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa > 1:807226/1‑139 (MQ=255) tcgcttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTtc < 2:807226/135‑1 (MQ=255) ttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATCGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGTTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCAt < 2:899123/139‑1 (MQ=255) ttCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTccc < 1:61014/139‑1 (MQ=255) cTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:1808280/139‑1 (MQ=16) tGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa > 2:943167/1‑137 (MQ=18) tGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:943167/137‑1 (MQ=16) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa > 2:827424/2‑105 (MQ=255) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa < 1:827424/104‑1 (MQ=255) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTtc > 1:589554/2‑110 (MQ=255) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTtc < 2:589554/109‑1 (MQ=255) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTc > 2:816037/2‑119 (MQ=255) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTc < 1:816037/118‑1 (MQ=255) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg > 2:984564/2‑129 (MQ=16) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa > 1:1301299/2‑131 (MQ=12) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:1301299/130‑1 (MQ=16) cgATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:984564/128‑1 (MQ=255) gATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa > 1:423531/1‑104 (MQ=12) gATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa < 2:423531/104‑1 (MQ=12) tggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGa > 2:1338966/1‑95 (MQ=16) tggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGa < 1:1338966/95‑1 (MQ=16) gggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 2:1072657/115‑1 (MQ=16) gggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCa > 1:1072657/1‑115 (MQ=19) gggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGAt < 2:341590/139‑1 (MQ=255) ggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa > 1:1102443/1‑120 (MQ=16) ggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:1102443/120‑1 (MQ=16) ggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCg > 1:1747504/1‑92 (MQ=255) ggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCg < 2:1747504/92‑1 (MQ=255) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGa < 1:40566/88‑1 (MQ=255) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGa > 2:40566/1‑88 (MQ=255) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCgttg > 1:659740/1‑136 (MQ=12) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGc > 2:855108/1‑106 (MQ=12) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:855108/106‑1 (MQ=12) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTga < 1:1751241/139‑1 (MQ=255) cTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 2:664501/102‑1 (MQ=12) cTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCa > 1:664501/1‑102 (MQ=12) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg > 2:1507303/1‑105 (MQ=255) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:1507303/105‑1 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTga < 1:270977/129‑1 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTga > 2:270977/1‑129 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa > 1:771355/1‑103 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:771355/103‑1 (MQ=255) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AATTCCgggg > 2:597347/1‑138 (MQ=255) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCAt < 1:571395/85‑1 (MQ=255) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCAt > 2:571395/1‑85 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa < 1:509860/72‑1 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGaa > 2:509860/1‑72 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTtc < 1:745306/77‑1 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTtc > 2:745306/1‑77 (MQ=255) ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AATTCCGGGGCTTTTGaaa > 1:490235/1‑139 (MQ=11) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa > 2:1111429/1‑87 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa < 1:1111429/87‑1 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATAtttaat < 2:1675504/96‑4 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAAt > 1:1675504/1‑96 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:1700222/79‑1 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg > 2:1700222/1‑79 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:1805515/81‑1 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa > 1:1805515/1‑81 (MQ=255) ttGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG < 1:597347‑M1/139‑1 (MQ=255) ttGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG < 2:490235‑M1/139‑1 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGc > 1:485405/1‑69 (MQ=11) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGc < 2:485405/69‑1 (MQ=11) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCgttggg < 1:1287464/102‑6 (MQ=11) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCgttggg > 2:1287464/1‑97 (MQ=11) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:1418705/64‑1 (MQ=11) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGc > 2:1418705/1‑64 (MQ=11) cGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGA > 2:1548890‑M1/1‑133 (MQ=255) 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CGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAA‑‑‑GCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTT > NC_000913/1286851‑1287118 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |