New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1323147 | 45 (0.840) | 22 (0.410) | 9/208 | 3.2 | 48.9% | intergenic (‑65/‑73) | trpL/yciV | trp operon leader peptide/PHP domain protein |
? | NC_000913 | = 3742633 | 1 (0.020) | intergenic (‑101/‑100) | yiaJ/yiaK | transcriptional repressor for the yiaKLMNO‑lyxK‑sgbHUE operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
GGTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAGCTTCCGATGG > NC_000913/1323019‑1323281 | ggTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCt > 2:262561/1‑131 (MQ=255) ggTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAg > 2:766979/1‑139 (MQ=255) ggTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAg > 1:546591/1‑139 (MQ=255) ggTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGACAACAGCt < 1:262561/131‑1 (MQ=255) tGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACGTTTCAATACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATATCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCa > 1:884848/1‑139 (MQ=255) tGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCa > 2:148358/1‑127 (MQ=255) tGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCa < 1:148358/127‑1 (MQ=255) gCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg > 2:1144191/1‑139 (MQ=255) gCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg > 1:1320537/1‑139 (MQ=255) gCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAg < 2:546591/139‑1 (MQ=255) ccGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGaa < 1:609465/139‑1 (MQ=255) gcgcCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCg > 2:1112185/1‑139 (MQ=255) cgcCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCgg > 2:26814/1‑139 (MQ=255) cgcCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCgg > 1:545116/1‑139 (MQ=255) cGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATAtt < 2:33204/97‑1 (MQ=255) cGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATAtt > 1:33204/1‑97 (MQ=255) tttCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTg > 2:1194868/1‑139 (MQ=255) cGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAg > 1:1268384/1‑139 (MQ=255) cTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCgg < 1:862255/94‑1 (MQ=255) cTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCgg > 2:862255/1‑94 (MQ=255) ttttACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCt < 1:584351/55‑1 (MQ=255) ttttACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGaa < 1:1144191/139‑1 (MQ=255) ttttACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACACCt > 2:584351/1‑55 (MQ=255) gAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTTGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAg < 2:884848/139‑1 (MQ=255) gAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCaaa < 2:1206133/90‑1 (MQ=255) gAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCaaa > 1:1206133/1‑90 (MQ=255) aaCTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACgg > 1:4862/1‑107 (MQ=255) aaCTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACgg < 2:4862/107‑1 (MQ=255) aaCTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGt < 1:874669/139‑1 (MQ=255) tACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACg < 2:545116/139‑1 (MQ=255) gTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGaa > 1:712243/1‑55 (MQ=255) gTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGaa < 2:712243/55‑1 (MQ=255) aaCTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGcac < 2:1320537/139‑1 (MQ=255) tCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATa > 2:122399/1‑139 (MQ=255) tCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATa > 2:81648/1‑139 (MQ=255) tCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATa > 1:1330975/1‑139 (MQ=255) tgatTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCa < 2:1175746/38‑1 (MQ=255) tgatTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCa > 1:1175746/1‑38 (MQ=255) tgatTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGa > 1:149801/1‑121 (MQ=255) tgatTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGa < 2:149801/121‑1 (MQ=255) tAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGac < 2:649687/94‑1 (MQ=255) tAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGac > 1:649687/1‑94 (MQ=255) aaCAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAGCTTCCGATgg > 1:509634/1‑139 (MQ=255) gCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGca < 2:1059718/111‑1 (MQ=255) gCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGca > 1:1059718/1‑111 (MQ=255) | GGTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACCCTTTTTACGTGAACTTGCGTACTAGTTAACTAGTTCGATGATTAATTGTCAACAGCTCATTTCAGAATATTTGCCAGAACCGTTATGATGTCGGCGCAAAAAACATTATCCAGAACGGGAGTGCGCCTTGAGCGACACGAATTATGCAGTGATTTACGACCTGCACAGCCATACCACAGCTTCCGATGG > NC_000913/1323019‑1323281 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |