| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 631,812 | T→C | F640S (TTC→TCC) | cstA → | carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 631,812 | 0 | T | C | 100.0% | 145.2 / NA | 41 | F640S (TTC→TCC) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (25/16); total (25/16) | |||||||||||
TCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACG > NC_000913/631716‑631936 | tCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtggt > 2:673569/1‑139 (MQ=255) tGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCgtggt < 2:792851/139‑1 (MQ=255) aTTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtggcgac < 2:202005/128‑5 (MQ=255) aTTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtggcgac > 1:202005/1‑124 (MQ=255) tGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGACGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTg > 1:1324046/1‑139 (MQ=255) ttccttgctaTGATCCTCAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTCCGTCACAGCTGCCGCAACCGGTGTCCAACATCCGACCGCATGCAGTGTTACCGGTATTATTGATGGTGGTCGTCGTGGTTCTGGCACTGTtct > 1:980050/10‑139 (MQ=255) ggCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGAtt > 1:888889/1‑139 (MQ=255) aaTGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGt < 1:1078500/86‑1 (MQ=255) aaTGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGt > 2:1078500/1‑86 (MQ=255) tGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGAc > 1:956731/1‑139 (MQ=255) gACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCAc > 1:75510/1‑139 (MQ=255) aCAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACgg < 2:858485/135‑1 (MQ=255) aCAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACgg > 1:858485/1‑135 (MQ=255) cGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa > 1:685753/1‑112 (MQ=255) cGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 2:685753/112‑1 (MQ=255) gCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCa > 1:1073127/1‑78 (MQ=255) gCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCa < 2:1073127/78‑1 (MQ=255) tCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGaaa < 1:673569/139‑1 (MQ=255) aGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt > 2:775917/1‑55 (MQ=255) aGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 1:775917/55‑1 (MQ=255) gTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa > 2:38426/1‑85 (MQ=255) gTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:38426/85‑1 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATg > 2:114036/1‑39 (MQ=37) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATg < 1:114036/39‑1 (MQ=37) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtgg < 1:720327/63‑1 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtgg > 2:720327/1‑63 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGa < 1:693429/117‑1 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGa > 2:693429/1‑117 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaa > 2:969733/1‑139 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGACACTTg > 2:112702/1‑108 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGACACTTg < 1:112702/108‑1 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTaa > 2:1138454/1‑46 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTaa > 1:372266/1‑46 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTaa < 2:372266/46‑1 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTaa < 1:1138454/46‑1 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaag > 2:316379/1‑139 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaag > 1:759092/1‑139 (MQ=255) ggCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACg > 2:435180/1‑139 (MQ=255) ggCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACg > 2:16874/1‑139 (MQ=255) cgcAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt > 1:1265565/1‑43 (MQ=255) cgcAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 2:1265565/43‑1 (MQ=255) | TCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACG > NC_000913/631716‑631936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |