| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,983,288 | C→T | *279* (TAG→TAA) | kduI ← | hexuronate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,983,288 | 0 | C | T | 98.6% | 219.1 / NA | 69 | *279* (TAG→TAA) | kduI | hexuronate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (33/35); minor base A (0/1); total (33/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATC > NC_000913/2983158‑2983414 | cccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCaa > 1:928527/1‑139 (MQ=255) ccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCaaa < 2:892309/139‑1 (MQ=255) cTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCt > 2:846213/1‑139 (MQ=255) ccAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCGCTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACg > 2:1010670/1‑139 (MQ=255) ccAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACg > 2:681073/1‑139 (MQ=255) cccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcac < 2:411593/139‑1 (MQ=255) cccAACGCCATCACCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcac < 2:1259031/139‑1 (MQ=255) ccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:54341/139‑1 (MQ=255) cAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACAt < 1:162967/139‑1 (MQ=255) cccAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcgc > 2:678345/1‑104 (MQ=255) cccAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcgc < 1:678345/104‑1 (MQ=255) agtccagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGAc < 1:1284025/139‑1 (MQ=255) gtccagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGAcc > 2:943728/1‑139 (MQ=255) cacaACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCa < 2:1012743/139‑1 (MQ=255) caACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACgg < 2:992231/102‑1 (MQ=255) caACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACgg > 1:992231/1‑102 (MQ=255) tGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGTCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATgg > 2:688596/1‑103 (MQ=255) tGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGTCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATgg < 1:688596/103‑1 (MQ=255) acgatcctatcTTTATCTTCGAAAGAAAATGCACTTAAATTCATATTAATCCCTTATTCGTTTATTCCCTCACATAGCGCTAATCTTGATCGGCATCATGGTCCTTTTCACCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc < 1:330699/129‑1 (MQ=255) acgacCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc < 1:943728/139‑1 (MQ=255) acgacCACAACTTTAACTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCCCTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGTCCACATGGTCCAAATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc < 1:1010670/139‑1 (MQ=255) gacCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCttt > 1:1289428/1‑86 (MQ=255) gacCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCttt < 2:1289428/86‑1 (MQ=255) gacCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcccc > 2:443191/1‑139 (MQ=255) acCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcg > 2:470320/1‑76 (MQ=255) acCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAgcg < 1:470320/76‑1 (MQ=255) cGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCCTATTCGTTTATGCCCACAATAAGCGCAAATATTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcccccaa > 2:1223960/1‑136 (MQ=255) cAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCTTAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc < 1:12737/132‑1 (MQ=255) cAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCTTAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc > 2:12737/1‑132 (MQ=255) cAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATa < 1:681073/139‑1 (MQ=255) aCCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTCTTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:893213/84‑1 (MQ=255) aCCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 1:893213/1‑84 (MQ=255) tCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcac > 1:260079/1‑79 (MQ=255) tCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcac < 2:260079/79‑1 (MQ=255) tCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGc > 1:1240586/1‑139 (MQ=255) gagagaAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCtt > 2:942478/1‑139 (MQ=255) agagaAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCttt > 1:975128/1‑139 (MQ=255) aaTGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTcc < 2:847360/139‑1 (MQ=255) aaaaTCATAACAATCCCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGACACTTGATCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGa < 1:1223960/139‑1 (MQ=255) aaaaTCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGa < 2:549725/139‑1 (MQ=255) aaaaTCATAACAATACCTTATACGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACCGCCACATGGTACATATCAACAAAGACCTGGTTTTCACCGACCAGGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGa < 1:825968/139‑1 (MQ=255) aaaTCATAACAATACCTTATTCGTTTACGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTACCGACACCGGaa > 1:815774/1‑139 (MQ=255) aaCAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:668298/54‑1 (MQ=255) aaCAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 1:668298/1‑54 (MQ=255) tACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACgg > 2:219210/1‑44 (MQ=255) tACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACgg < 1:219210/44‑1 (MQ=255) tACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGa > 1:85687/1‑126 (MQ=255) tACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGa < 2:85687/126‑1 (MQ=255) aCCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACTTGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGc < 2:815774/139‑1 (MQ=255) cTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTc < 2:780854/139‑1 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATg < 2:346361/83‑1 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATg > 1:346361/1‑83 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:586703/42‑1 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 1:586703/1‑42 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc < 1:285251/83‑1 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc > 2:285251/1‑83 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCgggg > 1:752554/1‑139 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGga > 1:988762/1‑139 (MQ=255) gTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATa > 1:745613/1‑87 (MQ=255) gTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATa < 2:725471/87‑1 (MQ=255) gTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATa < 2:745613/87‑1 (MQ=255) gTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATa > 1:725471/1‑87 (MQ=255) ttATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:264516/37‑1 (MQ=38) ttATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 1:917197/1‑37 (MQ=38) ttATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:917197/37‑1 (MQ=38) ttATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca > 1:264516/1‑37 (MQ=38) ttATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATc > 1:153852/1‑139 (MQ=255) tATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc < 2:1043975/77‑1 (MQ=255) tATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc > 1:1043975/1‑77 (MQ=255) | CCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATC > NC_000913/2983158‑2983414 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |