| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_010468 | 1,857,679 | Δ1 bp | pseudogene (5724/7076 nt) | yeeJ ← | inverse autotransporter adhesin YeeJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_010468 | 1,857,678 | 0 | C | . | 99.8% | 3138.4 / ‑4.9 | 642 | pseudogene (5725/7076 nt) | yeeJ | inverse autotransporter adhesin YeeJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (309/332); total (309/333) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 654 total aligned reads displayed.
TGGCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGCCACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTGGCTGATGG > NC_010468/1857382‑1857972 | tgGCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGcac > 1:6679630/1‑297 (MQ=255)tgGCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGca < 1:4010497/298‑2 (MQ=255) agagCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTaa < 1:2730711/299‑1 (MQ=255) gagCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAAc > 1:1856088/1‑299 (MQ=255) agCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGTTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACg < 1:2836032/299‑1 (MQ=255) aaGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCt > 1:5630645/1‑299 (MQ=255) ggCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTGACCACTGCCATCCGCATCCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTgg < 2:5011928/299‑1 (MQ=255) 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ggTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATAtt > 2:1930686/1‑299 (MQ=255) cccACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTgg > 1:369252/1‑299 (MQ=255) ccACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTGGc > 1:5732398/1‑299 (MQ=255) cACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTGGCt < 2:6153820/299‑1 (MQ=255) cACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTGGCt < 2:5871133/299‑1 (MQ=255) cTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTGGCTGa < 2:5775782/299‑1 (MQ=255) | TGGCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGCCACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTGGCTGATGG > NC_010468/1857382‑1857972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |