New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_010468 | = 270764 | 586 (0.720) | 6 (0.010) | 5/584 | 6.2 | 1.0% | coding (3505/4236 nt) | ECOLC_RS01250 | RHS repeat protein |
? | NC_010468 | 272808 = | NA (NA) | coding (1461/4236 nt) | ECOLC_RS01250 | RHS repeat protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CATAGCGGATAGTGTGCCGCAAAGACCATTAGTACATGCCCCCGATTTTGCATCCTCCCACATAGATAAACCCAGGGGGTCGATGTCTGATATCGGATTCAATTGATATCCATACAGGTTCCATCCCCCCTTCAGTCCAATCGGATCCTGAGTGATATATCGCCCCTGCAGCGGGTCATAATAGCGGTGGCGGTTGTAATACAGGCCGGACTCCTCATCATACTGCTGCCCCGGCAGGCGGATAAGCTGCTGCAGCTGATGCGGGTTCTCTTCATTCAGCAGGTTGCCCCATTCATCGTATTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_010468/270462‑270764 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tattcCCGGCGTATTTCCAGCCCGTCAGGCCCGGTGGCTGACGTTAACTGGCTGTGGTGGTTATAGTAAAACGCCGATGCCCTGCCATCCGGCGTGGTGATGCGCGTGATGAGGCCCGTCACCACATCCGGGCTGTATTCTGTTGTCCGGCCTGCGGCATCCGTCTGTGTCCTGAGCCTGCCCACGGCGTCAAACTGACTCTGCGTGACGCTGCCGTCCGCGTGTTCCTTTTTCACCACCCGCTTCAGCCCGGCTTCGCCCTGCGTGTGCAGCACTTCACGGCGGTCCAGGCTGTCGGTGATG > NC_010468/272808‑273105 CATAGCGGATACGTTGCCGCAAAGACCATTAGTACAGGCCCCCGATTTTGCATCCTCCCACATAGATAAACCCAGGGGGTCGATGTCTGATATCGGATTCAATTGATATCCATACAGGTTCCATCCCCCCTTCAGTCCAATCGGATCCTGAGTGATATATCGCCCCTGCAGCGGGTCATAATAGCGGTGGCGGTTGTAATACAGGCCGGACTCCTCATCATACTGCTGCCCCGGCAGGCGGATAAGCTGCTGCAGCTGATGCGGGTTCTCTTCATTCAGCAGGTTGCCCCATTCATCGT < 2:5084446/299‑1 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tctccagATTCCCGCGGGATTTCCAGCCCGTCAGGCCCGGTGGCTGACGTGAACTGGCTGTGGGTGTGAGAGTAAACAGCCGATGCCCTGCCATCCGGCGTGGTGATGCGCGTGATGAGGCCCGTCACCACATCCGGGCTGTATTCTGTTGTCCGGCCTGCGGCATCCGTCTGTGTCCTGAGCCTGCCCACGGCGTCAAACTGACTCTGCGTGACGCTGCCGTCCGCGTGTTCCTTTTTCACCACCCGCTTCAGCCCGGCTTCGCCCTGCGTGTGCAGCACTTCACGGCGGTCCAGGC < 2:6122608/291‑1 tctatTTCCCGGGTTATTGCCGGCCGGTCGGGCCGGGTGGTGGACGTTAACTGGATGTGGTGGTTATAGTAAAACGCCGATGCCCTGCCATCCGGCTGGGTGATGCGCGTGATGAGGCCCGTCACCACATCCGGGCTGTATTCTGTTGTCCGGCCTGCGGCATCCGTCTGTGTCCTGAGCCTGCCCACGGCGTCAAACTGACTCTGCGTGACGCTGCCGTCCGCGTGTTCCTTTTTCACCACCCGCTTCAGCCCGGCTTCGCCCTGCGTGTGCAGCACTTCACGGCGGTCCAGGCTGT < 2:2883495/293‑1 cgATTCCCGGCGGATTTCCAGCCGGTCAGGCCCGGTGGCTGACGTTAACTGGCTGTGGGGGTTAGAGTAAAACGCCGATGCCCTGCCATCCGGCGTGGTGATGCGCGTGATGAGGCCCGTCACCACATCCGGGCTGTATTCTGTTGTCCGGCCTGCGGCATCCGTCTGTGTCCTGAGCCTGCCCACGGCGTCAAACTGACTCTGCGTGACGCTGCCGTCCGCGTGTTCCTTTTTCACCACCCGCTTCAGCCCGGCTTCGCCCTGCGTGTGCAGCACTTCACGGCGGTCCAGGCTGTCG < 2:5572128/296‑1 cTATTCCGGGGGTATTTCCAGCCCGTCTGGCCGTGGGGCTGGCGTTAACTGGCGGTGGTGTTTTTAGTAAAACGCCGATGCCCTGCCATCGGGCGTGGGGATGCGCGTGATGAGGCCCGTCACCCCATCCGGGCTTTGTTCTGTTGTCCGGCCTGCGGCATCCGTCTGTGTCCTGAGCCTGCCCACGGCGTCAAACTGACTCTGCGTGACGCTGCCGTCCGCGTGTTCCTTTTTCACCACCCGCTTCAGCCCGGCTTCGCCCTGCGTGTGCAGCACTTCACGGCGGTCCAGGCTGTCGG < 2:6647537/298‑1 GTATTCCTGCGGTATTGCCAGCCGGTCAGGGCCGGTGGCTGACGTTAACTGGCTGTGGTGGTTGTAGTAAAACGCCGATGCCCTGCCATCCGGCGTGGTGAGGCGCGTGATGAGGCCCGTCACCACATCCGGGCTGTATTCTGTTGTCCGGCCTGCGGCATCCGTCTGTGTCCTGAGCCTGCCCACGGCGTCAAACTGACTCTGCGTGACGCTGCCGTCCGCGTGTTCCTTTTTCACCACCCGCTTCAGCCCGGCTTCGCCCTGCGTGTGCAGCACTTCACGGCGGTCCAGGCTGTCG < 2:4767157/298‑1 TATTCCCGGGGTATTTCCAGCCGTGCGGGCCCGGGGGCTGACGTTAACTGGCTGTGGTGGTTATAGTAAAACGCCGATGCCCTGCCATCCGGCGTGGTGATGCGCGTGATGAGGCCCGTCACCACATCCGGGCTGTATTCTGTTGTCCGGCCTGCGGCATCCGTCTGTGTCCTGAGCCTGCCCACGGCGTCAAACTGACTCTGCGTGACGCTGCCGTCCGCGTGTTCCTTTTTCACCACCCGCTTCAGCCCGGCTTCGCCCTGCGTGTGCAGCACTTCACGGCGGTCCAGGCTGTCGG < 2:1094168/298‑1 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |