Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_010468 | 1,836,970 | 0 | A | G | 20.3% | 1290.8 / 199.8 | 575 | pseudogene (3479/4242 nt) | ECOLC_RS08830 | DUF4329 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (262/192); new base G (114/2); total (378/197) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-21 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 588 total aligned reads displayed.
CGCACCAGATTTTGCATCATCTCATGCTGATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCC‑ACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCG‑T‑C‑TT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGTCTCGAT > NC_010468/1836672‑1837268 | gCACCAGATTTTCAATCATCTACTTCGTCTAACCCCAAAGTATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTTTAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCC‑ACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCG‑T‑C‑TT‑C‑GCtgat < 2:3080062/299‑1 (MQ=255) ccAGATTTTGCATCATCTCATGCTGATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCC‑ACTCATCATACTCCGCGCTCCATATCGTATTGCCG‑T‑C‑TT‑C‑GCtgat > 1:4596958/1‑296 (MQ=255) aTTTTGCATCATCTCATGCTGATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGCTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCC‑ACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCG‑T‑C‑TT‑C‑GCTGATGAgcgc > 1:304242/1‑298 (MQ=255) catcatCTCATGCTGATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCC‑ACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCG‑T‑C‑TT‑C‑GCTTATGAGCGCCAGCgg > 1:978206/1‑298 (MQ=255) catcatCTCATGCTGATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCC‑ACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCC‑G‑C‑TT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCGGc > 2:613681/1‑299 (MQ=255) gATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCC‑ACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCG‑T‑C‑TT‑C‑GCTTATGAGCGCCAGCGTCAGTCCCCGGTGGTc > 1:4306525/1‑299 (MQ=255) cAAAGAATCCACTTTATAAACCGGATTGAGAGGATATTGGCAAAAATTCACCCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCC‑ACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCG‑T‑C‑TT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGAt < 2:683654/299‑1 (MQ=255) 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cTCCACATCGTATTGCCG‑T‑C‑TT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCttt > 2:3360259/1‑299 (MQ=255) ccG‑T‑C‑TT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGtt > 1:89066/1‑299 (MQ=255) cG‑T‑C‑TT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTtc > 1:5500706/1‑299 (MQ=255) g‑T‑C‑TT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTtct < 1:233980/299‑1 (MQ=255) tt‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTg > 1:2154310/1‑299 (MQ=255) c‑GCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCTGCAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTCTAACTTCTCCACCCGCCTTCGCCGCCGCGCTCTCTCCACTTCGCCCTTcccttcc > 2:5035738/1‑296 (MQ=17) gCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGtct > 1:1578743/1‑299 (MQ=255) cTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGtctc > 2:6324777/1‑299 (MQ=255) atgaGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGTCTCGAt < 1:189980/299‑1 (MQ=255) | CGCACCAGATTTTGCATCATCTCATGCTGATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCC‑ACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCG‑T‑C‑TT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCGGCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGTCTCGAT > NC_010468/1836672‑1837268 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |