Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_010468 | 1,857,679 | Δ1 bp | pseudogene (5724/7076 nt) | yeeJ ← | inverse autotransporter adhesin YeeJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_010468 | 1,857,678 | 0 | C | . | 99.9% | 3641.7 / ‑1.0 | 746 | pseudogene (5725/7076 nt) | yeeJ | inverse autotransporter adhesin YeeJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base . (354/389); minor base T (1/0); total (356/390) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 |
Only 100 of 761 total aligned reads displayed.
TGGCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGCCACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTGGCTGA > NC_010468/1857382‑1857969 | tgGCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGca > 1:5941543/1‑297 (MQ=255) tgGCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGc < 1:6847224/297‑1 (MQ=255) gCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGcact < 1:4425991/298‑4 (MQ=255) gCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGcact > 1:3535010/1‑295 (MQ=255) 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tttAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCa < 1:149114/296‑1 (MQ=255) aaGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCtt < 1:1189193/297‑1 (MQ=255) cGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGc > 1:7257507/1‑298 (MQ=255) 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ccTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCATCCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTtgat < 2:5853022/298‑1 (MQ=255) ttCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTtgatga > 2:3427366/1‑298 (MQ=255) gATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGAtgacct < 1:4833631/298‑1 (MQ=255) 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tCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGc > 1:3995590/1‑297 (MQ=255) ccTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCa > 2:2973144/1‑298 (MQ=255) aCCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTg > 2:722550/1‑297 (MQ=255) 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cGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCtata < 2:6621891/298‑1 (MQ=255) cTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCa > 2:7165094/1‑298 (MQ=255) gAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTACCGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATg < 1:3034075/297‑1 (MQ=255) gAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGc < 2:3142176/298‑1 (MQ=255) acctgaAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCa < 2:3538592/297‑1 (MQ=255) ttGGTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCATCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACaa > 1:623946/1‑297 (MQ=255) gTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGCTAATAtt > 1:1697453/1‑298 (MQ=255) gTTCCCACTTTTCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAatat < 2:6015842/297‑1 (MQ=255) ttCCG‑CACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTGGCTGa < 2:8080000/296‑1 (MQ=255) | TGGCAGAGCCGCTTTTTAAGGCGAAGTACACAGTGAGACCTTCGATCAGGTTACCACTGCCATCCTCAACCGTTGCCTTTAAGGTACTTAAATCACTGTTGGTGGCGGCGATAGTCGATGGATCAGCGATAAAGCTAGCAACATGGGCGGTGCTTGAGTTGCCAGTGACTTTCACGGTTGTCTGTGTCTGTATTGTTACGCCGTTATGGAACGATGCAGTCACCGTATATGTACCGACTTTATTGCTGGTCAGAACGACTGGAGCCTGACCTGAAGAGTTGGTTCCCACTTTTCCGCCACTTAACGTCGCACCTTCTGGCGTTACGCTAAAGTTGATGACCTGACCCTCCACTGGAGTGCCATTTGCAGAAGTTAGCGTTGCCGTCAGAGTTGCACCTGTTGGGGAATTGACACCGATAAGCGGGCTGGACGCCGAGAGTGTCAGTTTTTAATCGATTACCACCAGATCCTTCTCATAAGAGGATCCATTCGCCAGGGATGCTTTCACCATATACGAACCGTTTCTTTCGGGCGTCATAGTGACCTCGGCTATACCATGCGTATCAGTAGAGACAATATTTTGGCTGA > NC_010468/1857382‑1857969 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |