Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_010468 | 1,836,970 | 0 | A | G | 20.2% | 1684.0 / 259.7 | 764 | pseudogene (3479/4242 nt) | ECOLC_RS08830 | DUF4329 domain‑containing protein |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-21 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 782 total aligned reads displayed.
GCACCAGATTTTGCATCATCTCATGCTGATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCCACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCGT‑CTT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCG‑GCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGTCTCGA > NC_010468/1836673‑1837267 | gtttttGCATCATCTCATGCTGATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGACCCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCCACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCGT‑CTT‑C‑GCTGATGAgcg < 1:1070048/296‑1 (MQ=255) 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t‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCG‑GCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCCCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTg > 1:1817259/1‑298 (MQ=255) c‑GCTGATGAGCGCCAGCG‑GCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGt > 1:7721347/1‑298 (MQ=255) gCTGATGAGCGCCAGCG‑GCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCCCCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGtc > 2:5527881/1‑298 (MQ=255) catatgaGCGACATGC‑GCAGTCACCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGtct < 2:5314345/295‑1 (MQ=255) cTGATGAGCGCCAGCG‑GCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGtct < 1:2917621/298‑1 (MQ=255) gatgaGCGCCAGCG‑GCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGtctc > 1:412381/1‑297 (MQ=255) | GCACCAGATTTTGCATCATCTCATGCTGATAACCCCAAAGGATCCACTTTATGAACCGGATTGAGAGGATATTGGTATAAATTCCACCCGCCACTCAGCCCGATTGGATCCTGGGTGATATACCTGCCCTGCAGCGGATCGTAGTACCGGTTACGGTTATAGCACAGCCCCGATTCATCATCGTACTGCTGCCCCGGCAGGCGGTACGGCTGGTACAGGTGATGCGGGTTCTCCTCATTCAACAGGTTTCCCCACTCATCATACTCCGCGCTCCACATCGTATTGCCGT‑CTT‑C‑GCTGATGAGCGCCAGCG‑GCAGTCCCCGGTGGTCGCAGTGATAAAGGTGAACTTTTCGCTCAGGTAAATAAACCGGCTCTATCTGTGCCGCCAGCCGCTCCACCGTCAGCCCGCACTGCGCCAGCCACGCCCGGCTCTCACTGCTCACGCGGTCTGCCCGGATTTCCCCTTCCAGCCTGTCCAGCATCCTCACCAGTTCCACCGGGAACACCACACCGTGACCGTCCTCACTCCCTTCCTGCTGTAACTTCTCCACCAGGCTTCGCCGCTGCGCTTTATCCAGTTCGCCGTTCTCTGTCTCGA > NC_010468/1836673‑1837267 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |