| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_010468 | 2,423,171 | G→A | G40G (GGC→GGT) | ECOLC_RS11800 ← | ISAs1‑like element ISEc1 family transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_010468 | 2,423,171 | 0 | G | A | 99.5% | 419.0 / ‑5.8 | 187 | G40G (GGC→GGT) | ECOLC_RS11800 | ISAs1‑like element ISEc1 family transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (84/102); total (85/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
TAATGACATGAATCGCTCCCCTGCGGCGACTCTTGTCATAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCGCCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGTTCCACTTTCCAGGCTTGTCTGTAATCGGGGATAATAGAAATATGTTCCATCAATTTTTTAAGTTCCATTTTGTTCTCCTTAATTATGTAAGAAGTATTTGATCATGTATAAGCAATAAAAAACAGCTTTAGGTAATAAGGAATATCTCAATTTTTAAACATAAAATGCGAATTATTTAGTACAAAAAGTGTACTTCTGATGATCTTTCCCTGCATGTCGGGCGGATGAGATAAGCGAGTC > NC_010468/2422903‑2423462 | tAATGACATGAATCGCTCCCCTGCGGCGACTCTTTTCATAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCGCCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAg > 1:2642821/1‑298 (MQ=17) cTCCCCTGCGGCGACTCTTGTCATAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATaa > 1:3962538/1‑298 (MQ=14) cTCCCCTGCGGCGACTCTTGTCATAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATaa < 1:2485115/298‑1 (MQ=14) cccTGCGGCGACTCTTGTCATAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAAt < 2:2841100/296‑1 (MQ=14) gcggcgACTCTTGTCATAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGt < 1:8190733/298‑1 (MQ=14) gcggcgACTCTTGTCATAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGt > 1:5208278/1‑298 (MQ=14) ggcgACTCTTGTCATAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGTTc < 2:5620518/298‑1 (MQ=14) 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aTAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGTTCCACTTTCCAGGCt > 1:11777/1‑298 (MQ=14) agagTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGTTCCACTTTCCAGGCTTGt < 1:6410565/298‑1 (MQ=14) gagTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGTTCCACTTTCCAGGCTTGTc > 1:5754248/1‑298 (MQ=14) 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aaCCCTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGTTCCACTTTCCAGGCTTGTCTGTAATCGGGGATAATAGAAATATGTTCCATCAATTTTTTAAGTTCCATTTTGTTCTCCTTAATTATGTAAGAAGTATTTGATCATGTATAAGCAATAAAAAACAGCTTTAGGTAATAAGGAATATCTCAATTTTTAAACATAAAATGCGAATTATTTAGTACAAAAAGTGTACTTCTGATGATCTTTCCCTGCATGTCGGGCGGATGAGATAAGc > 2:6756370/1‑297 (MQ=255) ccTCTGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGTTCCACTTTCCAGGCTTGTCTGTAATCGGGGATAATAGAAATATGTTCCATCAATTTTTTAAGTTCCATTTTGTTCTCCTTAATTATGTAAGAAGTATTTGATCATGTATAAGCAATAAAAAACAGCTTTAGGTAATAAGGAATATCTCAATTTTTAAACATAAAATGCGAATTATTTAGTACAAAAAGTGTACTTCTGATGATCTTTCCCTGCATGTCGGGCGGATGAGATAAGCGAGt < 2:6401682/298‑1 (MQ=255) tctGCACCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGTTCCACTTTCCAGGCTTGTCTGTAATCGGGGATAATAGAAATATGTTCCATCAATTTTTTAAGTTCCATTTTGTTCTCCTTAATTATGTAAGAAGTATTTTATCATGTATAAGCAATAAAAAACAGCTTTAGGTAATAAGGAATATCTCAATTTTTAAACATAAAATGCGAATTATTTAGTACAAAAAGTGTACTTCTGATGATCTTTCCCTGCATGTCGGGCGGATGAGATAAGCGAGTc > 1:1071065/1‑297 (MQ=255) | TAATGACATGAATCGCTCCCCTGCGGCGACTCTTGTCATAAGAGTGCCGGAGCGTTTTTCCATCAATTGCAATGACGTCTTTATCATCTGAAGAATGGCAGTCACGCATCCAGTTAATAAAGCACTCGTGAAATTTTGCAGGACTGATACAGGATACAACTCTGGCAATGGTATCGTGAACAGGAATACCATTTTCAAAATCACCATATTGCTTCAAAAAATCGAGATGTGTTTCCCCAAAATCCTCTATATCTTCCCAACCCTCTGCGCCAGAAATAACGGCACAAATAGTTAACAGTAGAATATCCGATAATTTATGTTCCACTTTCCAGGCTTGTCTGTAATCGGGGATAATAGAAATATGTTCCATCAATTTTTTAAGTTCCATTTTGTTCTCCTTAATTATGTAAGAAGTATTTGATCATGTATAAGCAATAAAAAACAGCTTTAGGTAATAAGGAATATCTCAATTTTTAAACATAAAATGCGAATTATTTAGTACAAAAAGTGTACTTCTGATGATCTTTCCCTGCATGTCGGGCGGATGAGATAAGCGAGTC > NC_010468/2422903‑2423462 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |