| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_010468 | 454,696 | T→C | S266P (TCT→CCT) | rpoA → | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_010468 | 454,696 | 0 | T | C | 99.8% | 4998.2 / ‑5.8 | 1267 | S266P (TCT→CCT) | rpoA | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (586/676); total (589/678) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1273 total aligned reads displayed.
AATCGGCCGTCTGCTGGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCTCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTACCGAGGTTGAGCTCCTTAAAACGCCTAACCTTGGTAAAAAATCTCTTACTGAGATTAAAGACGTGCTGGCTTCCCGTGGACTGTCTCTGGGCATGCGCCTGGAAAACTGGCCACCGGCAAGCATCGCTGACGAGTAACCGGATCACAGGTTAAGGTTTTACTGAGAAGGATAAGGTCATGCGCCATCGTAAGAGTGGTCGTCAACTGAACCGCAACAGCAGCCATCGCCAGGCTATG > NC_010468/454401‑454990 | aTCGGCCGTCTGCTGGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTg < 2:7968063/298‑1 (MQ=255) aTCGGCACTCTGCTGGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGGGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTg < 2:5223006/298‑1 (MQ=255) gcggccggcGGCTGGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGc < 2:4630813/297‑1 (MQ=255) ggCCGTCTGCTGGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCt < 1:1184181/297‑1 (MQ=255) gCCGTCTGCTGGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAACCCAGCGTTCGATCCGACCCTGCTGCGCCCTGTCGACGATCTGGAATTTACTGTCCGCCCTGCTaa > 2:3041255/1‑298 (MQ=255) gTCTGCTGGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTg > 2:6603366/1‑298 (MQ=255) ctgGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCtt < 2:5478448/297‑1 (MQ=255) ctgGTCGACCGCTGCGACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAACGCGTGTCGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTa < 2:1943279/298‑1 (MQ=255) cgggTCGACGCATGTTACAGCCCGTTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAAGCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGcc < 2:4711728/293‑1 (MQ=255) aCGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAg > 2:3666111/1‑297 (MQ=255) 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cGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATc > 1:220629/1‑298 (MQ=255) aTTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTgg > 1:776667/1‑298 (MQ=255) aCAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCg > 2:4439202/1‑298 (MQ=255) aaTGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTa > 2:489606/1‑298 (MQ=255) aaTGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTa < 2:1346196/298‑1 (MQ=255) gTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTAcc > 1:2523130/1‑297 (MQ=255) 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aaGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTACCGAGGt < 1:1342282/298‑1 (MQ=255) agcaggGCGTGTAGAACAGCGGACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATTGAAACCGACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGGGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTACCGAGGtt < 2:2558279/298‑1 (MQ=255) agcagcGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTACCGAGGtt < 2:6940389/298‑1 (MQ=255) 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aaTTGACTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTACCGAGGTTGAGCTCCTTAAAACGCCTAACCTTGGTAAAAAATCTCTTACTGAGATTAAAGACGTGCTGGCTTCCCGTGGACTGTCTCTGGGCATGCGCCTGGAAAACTGGCCACCGGCAAGCATCGCTGACGAGTAACCGGATCACAGGTTAAGGTTTTACTGAGAAGGATAAGGTCATGCGCCATCGTAAGAGTGGTCGTCAACTGAACCGCAACAGCAGCCATc < 2:874682/298‑1 (MQ=255) aCTGTCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTACCGAGGTTGAGCTCCTTAAAACGCCTAACCTTGGTAAAAAATCTCTTACTGAGATTAAAGACGTGCTGGCTTCCCGTGGACTGTCTCTGGGCATGCGCCTGGAAAACTGGCCACCGGCAAGCATCGCTGACGAGTAACCGGATCACAGGTTAAGGTTTTACTGAGAAGGATAAGGTCATGCGCCATCGTAAGAGTGGTCGTCAACTGAACCGCAACAGCAGCCATCGCCa < 1:7674813/297‑1 (MQ=255) tCCGCCCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTACCGAGGTTGAGCTCCTTAAAACGCCTAACCTTGGTAAAAAATCTCTTACTGAGATTAAAGACGTGCTGGCTTCCCGTGGACTGTCTCTGGGCATGCGCCTGGAAAACTGGCCACCGGCAAGCATCGCTGACGAGTAACCGGATCACAGGTTAAGGTTTTACTGAGAAGGATAAGGTCATGCGCCATCGTAAGAGTGGTCGTCAACTGAACCGCAACAGCAGCCATCGCCAGGCt < 1:6125951/297‑1 (MQ=255) | AATCGGCCGTCTGCTGGTCGACGCATGCTACAGCCCTGTGGAGCGTATTGCCTACAATGTTGAAGCAGCGCGTGTAGAACAGCGTACCGACCTGGACAAGCTGGTCATCGAAATGGAAACCAACGGCACAATCGATCCTGAAGAGGCGATTCGTCGTGCGGCAACCATTCTGGCTGAACAACTGGAAGCTTTCGTTGACTTACGTGATGTACGTCAGCCTGAAGTGAAAGAAGAGAAACCAGAGTTCGATCCGATCCTGCTGCGCCCTGTTGACGATCTGGAATTGACTGTCCGCTCTGCTAACTGCCTTAAAGCAGAAGCTATCCACTATATCGGTGATCTGGTACAGCGTACCGAGGTTGAGCTCCTTAAAACGCCTAACCTTGGTAAAAAATCTCTTACTGAGATTAAAGACGTGCTGGCTTCCCGTGGACTGTCTCTGGGCATGCGCCTGGAAAACTGGCCACCGGCAAGCATCGCTGACGAGTAACCGGATCACAGGTTAAGGTTTTACTGAGAAGGATAAGGTCATGCGCCATCGTAAGAGTGGTCGTCAACTGAACCGCAACAGCAGCCATCGCCAGGCTATG > NC_010468/454401‑454990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |