| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_007779 | = 2176982 | 0 (0.000) | 219 (1.160) | 106/416 | NT | 100% | intergenic (‑2/‑33) | gatA/Y75_RS10980 | PTS galactitol transporter subunit IIA/IS5‑like element IS5 family transposase |
| ? | NC_007779 | 2178182 = | 0 (0.000) | pseudogene (202/207 nt) | gatA | PTS galactitol transporter subunit IIA | |||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
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aCGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAACATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggacttctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgata > 2:1129201‑M1/1‑99 (MQ=255) aCGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgata > 1:28691‑M1/1‑99 (MQ=255) aCGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgata < 2:1850796‑M1/239‑141 (MQ=255) aaCGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaa > 2:791098‑M1/1‑88 (MQ=255) aaCGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaa > 2:1491204‑M1/1‑88 (MQ=255) aCGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaact > 2:475455‑M1/1‑87 (MQ=255) aTACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcg < 2:2084365‑M1/239‑156 (MQ=255) tACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccccacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcg < 1:2052651‑M1/238‑156 (MQ=255) tACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggaatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttc > 1:1010701‑M1/1‑83 (MQ=255) tACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaa < 2:1050450‑M1/168‑86 (MQ=255) ccGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgata > 1:392447‑M1/1‑81 (MQ=255) ccGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgata < 2:392447‑M1/221‑141 (MQ=255) cGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATCGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggcatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattcccgatatgggttaaaacttcgcta > 2:169580‑M1/1‑80 (MQ=255) gctacgtCGTTATCCTCATCCGCTTGCTGATAATGAACTTTATTTGTTGTCCTTAACGGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatggcctcacaatgcggtattgcaatagcgttctgctcaagcattagcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacg < 2:1099173‑M1/236‑161 (MQ=255) gCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattg < 2:662766‑M1/106‑28 (MQ=255) catcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaat > 2:904600‑M1/1‑63 (MQ=255) atcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaatt > 1:1804608‑M1/1‑62 (MQ=255) atcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaatt > 2:1035766‑M1/1‑62 (MQ=255) atcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaatt > 1:1437818‑M1/1‑62 (MQ=255) cGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgc < 2:952857‑M1/239‑181 (MQ=255) cGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACCTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgc < 1:475455‑M1/239‑181 (MQ=255) cTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgct > 2:1740373‑M1/1‑57 (MQ=255) ttGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctac < 2:128857‑M1/239‑184 (MQ=255) gCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacga > 2:708035‑M1/1‑54 (MQ=255) gAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgtcaaaagaaattccgctacgaaca < 2:1388900‑M1/239‑189 (MQ=255) gAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacgtcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaaca < 1:1110889‑M1/239‑189 (MQ=255) aCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggt < 2:2199468‑M1/238‑196 (MQ=255) aCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggt < 2:945811‑M1/238‑196 (MQ=255) aCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggt < 1:1523611‑M1/238‑196 (MQ=255) aCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggt < 1:2029034‑M1/238‑196 (MQ=255) aCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggt < 1:2087608‑M1/238‑196 (MQ=255) aCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggt < 1:588192‑M1/238‑196 (MQ=255) aCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggt < 1:776125‑M1/238‑196 (MQ=255) aCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggt < 2:1437818‑M1/238‑196 (MQ=255) aCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacaatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggt < 2:521538‑M1/238‑196 (MQ=255) tATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggttagtc < 1:1035766‑M1/239‑201 (MQ=255) ggCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggc < 1:760024‑M1/126‑96 (MQ=255) ggCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggc > 2:760024‑M1/1‑31 (MQ=255) cTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaattgcatcacaatgcggtattgcactagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggcccggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaacacttcgctacgctcgataaaagaaattccgctactaacaaacaggttagtcatataccgt > 2:541756‑M1/1‑28 (MQ=255) cTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggttagtcatataccgtcc < 1:1740373‑M1/239‑212 (MQ=255) aaaTGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggttagtcatataccgtccttattccgc > 1:1055141‑M1/1‑18 (MQ=255) tGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggttagtcatataccgtccttattccgcaca > 2:210707‑M1/1‑15 (MQ=255) gacgacTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgtgctgctcaagcattatcccggtagggaattctgcttctctggcaattaatgcctgtggccaggtatcatgaaccacacctttggcgagcatctcattaccgatatgggttaaaacttcgctacgatcgacaaaagaaattccgctacgaacaaacaggttagtcatatac < 2:284572‑M1/216‑207 (MQ=255) | AAAACATACTTTGTGAAGTATTCCTTTAACTGGGTTTCAGGAAGAGTGATTAGTGTCTCGACGATATCGGGCTGTTGTAACTTGCCAAATAAACAGCGTAAAAGTTTCAATTGCTGCTGCGGATTTTCCACAATCAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTCCCGCATGGAGCAGATTCTGCCATGGCAAAACATGGTGGAAGTCATCGAGCCGTTTTACCCCAAGGCTGGTAATGGCCG > NC_007779/2176748‑2177205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |