New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 3748324 | 3 (0.020) | 208 (1.080) | 112/426 | NT | 98.6% | pseudogene (657/873 nt) | tnaB | low affinity tryptophan permease TnaB |
? | NC_007779 | 4056220 = | NA (NA) | intergenic (‑209/+15) | Y75_RS25055/Y75_RS20055 | hypothetical protein/IS1‑like element IS1A family transposase |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GGAGTGTAGTTCCGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC > NC_007779/4055982‑4056454 | ggAGTGTAGTTCCGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg > 1:1369012/1‑239 (MQ=255) 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gtAGTTCCGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa < 1:327368/238‑1 (MQ=255) gtAGTTCCGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTa < 2:75237/237‑1 (MQ=255) gtAGTTCCGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 2:589334/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |