| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,362,507 | C→G | 10.5% | R8G (CGG→GGG) | Y75_RS11800 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,362,507 | 0 | C | G | 10.5% | 399.0 / 4.4 | 149 | R8G (CGG→GGG) | Y75_RS11800 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/45); new base G (2/16); total (88/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCT‑GGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTC‑ATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGG‑ACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGG‑CCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTT > NC_007779/2362269‑2362744 | tGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCT‑GGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTTCGAACTGTC‑ATTAAAAGGAGAGATTAATGACCATTCCTGAACGGCTGc > 1:241522/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |