| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 2,787,258 | C→T | 16.6% | pseudogene (961/1008 nt) | Y75_RS24085 → | alpha amylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,787,258 | 0 | C | T | 16.6% | 291.7 / 16.2 | 137 | pseudogene (961/1008 nt) | Y75_RS24085 | alpha amylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (75/38); new base T (2/22); total (77/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TAATCACTCTCCTCATGATGGACTAGTTATAATAAATAAAGGAAACGAAGAAGTTGAAGGTACCTGGCCTAACAAATTGCAACCTGGAATATACAAAAACATGGGGAGTAAT‑AGCGTTAACATTATTATTAATAATACCCGAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGT > NC_007779/2787041‑2787490 | tAATCAGTCTCCTCAGGATGGACTAGTTATAATAAATAAAGGAAACGAAGAAGTTGAAGGTGCCTGGCGGAACAAATTGCAACCTGGAATATACAAAAACATGGGGAGTAAT‑AGCGTTAACATTATTATTAATAATACCCGAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGTTCTTCTTTTAGGGAAAACAGgag < 1:214443/239‑1 (MQ=255) tCACTCTCCTCATGATGGACTAGTTATAATAAATAAAGGAAACGAAGAAGTTGAAGGTACCTGGCCTAACAAATTGCAACCTGGAATATACAAAAACATGGGGAGTAAT‑AGCGTTAACATTATTATTAATAATACCCGAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCTTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGaaaa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |