| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,797,637 | C→A | 15.0% | intergenic (‑486/‑183) | stpA ← / → alaE | DNA‑binding protein StpA/L‑alanine exporter AlaE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,797,637 | 0 | C | A | 15.0% | 177.1 / 6.2 | 80 | intergenic (‑486/‑183) | stpA/alaE | DNA‑binding protein StpA/L‑alanine exporter AlaE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/19); new base A (2/11); total (50/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAATAAAAATGCAATATAACAGAATAAAAGAAAACATCCATCACTGGTGCTTTCTGCTGTTAATGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTAT‑AGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGATCCACTGCTTTCATCTCCATTAACATCCCATTACGCTTTTATTAAGGAGCATTAGCATGTTCTCACCGCAGTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGT > NC_007779/2797403‑2797875 | gAATAAAAATGCAATATAACAGAATAAAAGAAAACATCCATCACTGGTGCTTTCTGCTGTTAATGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTAT‑AGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATg < 1:1987729/239‑1 (MQ=255) 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GAATAAAAATGCAATATAACAGAATAAAAGAAAACATCCATCACTGGTGCTTTCTGCTGTTAATGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTAT‑AGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGATCCACTGCTTTCATCTCCATTAACATCCCATTACGCTTTTATTAAGGAGCATTAGCATGTTCTCACCGCAGTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGT > NC_007779/2797403‑2797875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |