| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 2,904,033 | A→C | 13.1% | G14G (GGT→GGG) | queE ← | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase QueE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,904,033 | 0 | A | C | 13.1% | 275.4 / 2.8 | 132 | G14G (GGT→GGG) | queE | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase QueE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/79); new base C (14/8); total (40/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
ACCCGTAATCACCACATGCCGCGCGGTGTATCCCTGGCGACCAATGACAGCCAGCAAATCTTCACTGCTCGCAGCCCCCCACTTATCACTCTCTTTGGTCTTCGCCAGAATGCTGAAAAGGGAGACTTCCCGATCCTCAAGCTTTTCCCAGGTGTGTTTGGTGTCGCACCAGGCACAGCCAACCGGGCATCCCTGTAAACGAATAAAAATGGCGGGAACGCCGGTAAAGTAACCCTCACCTTGCAGGGTCTGGAACATCT‑CGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTTAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCAC > NC_007779/2903796‑2904262 | accCGTAATCACCACATGCCGCGCGGTGTATCCCTGGCGACCAATGACAGCCAGCAAATCTTCACTGCTCGCAGCCCCCCACTTATCACTCTCTTTGGTCTTCGCCAGAATGCTGAAAAGGGAGACTTCCCGATCCTCAAGCTTTTCCCAGGTGTGTTTGGTGTCGCACCAGGCACAGCCAACCGGGCATCCCTGTAAACGAATAAAAATGGCGGGAACGCCGGTAAAGTAACCCTCAc < 1:1561230/239‑1 (MQ=255) 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cacaTGCCGCGCGGTGTATCCCTGGCGACCAATGACAGCCAGCAAATCTTCACTGCTCGCAGCCCCCCACTTATCACTCTCTTTGGTCTTCGCCAGAATGCTGAAAAGGGAGACTTCCCGATCCTCAAGCTTTTCCCAGGTGTGTTTGGTGTCGCACCAGGCACAGCCAACCGGGCATCCCTGTAAACGAATAAAAATGGCGGGAACGCCGGTAAAGTAACCCTCACCTTGCAggg > 1:1880885/1‑236 (MQ=255) cacaTGCCGCGCGGTGTATCCCTGGCGACCAATGACAGCCAGCAAATCTTCACTGCTCGCAGCCCCCCACTTATCACTCTCTTTGGTCTTCGCCAGAATGCTGAAAAGGGAGACTTCCCGATCCTCAAGCTTTTCCCAGGTGTGTTTGGTGTCGCACCAGGCACAGCCAACCGGGCATCCCTGTAAACGAATAAAAATGGCGGGAACGCCGGTAAAGTAACCCTCACCTTGCAggg > 1:276070/1‑236 (MQ=255) gCCGCGCGGTGTATCCCTGGCGACCAATGACAGCCAGCAAATCTTCACTGCTCGCAGCCCCCCACTTATCACTCTCTTTGGTCTTCGCCAGAATGCTGAAAAGGGAGACTTCCCGATCCTCAAGCTTTTCCCAGGTGTGTTTGGTGTCGCACCAGGCACAGCCAACCGGGCATCCCTGTAAACGAATAAAAATGGCGGGAACGCCGGGAAAATAACCCCCACCCTGCCGGGTCTGGaaa > 1:609683/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |