| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 249,538 | T→G | 28.8% | H187P (CAC→CCC) | flhA ← | flagellar type III secretion system protein FlhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 249,538 | 0 | T | G | 28.8% | 78.3 / 9.1 | 76 | H187P (CAC→CCC) | flhA | flagellar type III secretion system protein FlhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/31); new base G (20/5); total (40/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTT > NC_007779/249304‑249773 | gTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGCAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑g < 1:824403/238‑1 (MQ=255) cGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGCGC‑GGCAtt > 1:281854/1‑238 (MQ=255) gggTTACCCTGTGCTTTTTCCCCCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTc‑c < 1:1551649/239‑1 (MQ=255) ttACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGGGC‑CGCATTC‑CCgg > 1:1961847/1‑239 (MQ=255) tgtgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGGGC‑GGCATTC‑CCCGGacca > 1:2035528/1‑238 (MQ=255) tgtgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGGCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCCGCGGCTGTTTGCTCATACGCCAGCCGGGAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGG‑GGCAATC‑CCCGGacca > 1:247681/1‑238 (MQ=255) gCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGTGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACCGCAGGGGG‑GGCATTC‑CCgtgacccccc > 2:1832124/1‑229 (MQ=255) 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cgcCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCCATC‑CCGGGACCACC‑CCCAGCACGCACATaa > 1:857398/1‑239 (MQ=255) ccaccaGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGGGG‑GGGCTCC‑CCGGGACCACCGGCCAGCagaaaaaaat > 1:1842465/1‑229 (MQ=255) ccaccaGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGGGG‑GGGAATC‑CCGGTACCCCC‑GCCAACACGaaaaaaaa > 1:775484/1‑232 (MQ=255) 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cGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtcat < 1:519516/238‑1 (MQ=255) tAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCg < 2:1796627/86‑1 (MQ=255) tAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCg > 1:1796627/1‑86 (MQ=255) aaaaCCACGCAGGGCGCGG‑AACAGCAAAAGCGGCAGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCCCC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGc < 1:1832124/238‑1 (MQ=255) caCCAAGCAGGGCACGA‑AACAGAAAAAGCGGCGGTGGC‑GGCGTTC‑CGGGAGCCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTGGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGcaca < 2:379531/238‑1 (MQ=255) aaCCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGcaca < 1:1620813/239‑1 (MQ=255) cccaggaggggCGCGG‑AACAGAAAAACCGGCGGGTGC‑GGCATCC‑CCGGTCCCCCC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACAt < 2:72616/231‑1 (MQ=255) 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cgcTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGcaca < 1:1301160/227‑1 (MQ=255) aaCAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGGGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGGTACGCACGGCCTGGGCGATATCCCCGTTGTCGCTGACGCGGGGGACGATAATCGCCGCCGCGGGGGAGAGCAGCAGGGGAGGGACGTGCGCCACCAGGGCGGCGCCGACGGGCATCAGCCCATACCGCTggctgccctt > 2:85880/1‑231 (MQ=255) aaaagCGGCGGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATc < 1:1695013/236‑1 (MQ=255) 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tGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGGCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCGCCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGtt < 1:1943153/236‑1 (MQ=255) | GTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTG‑AACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTC‑CCGGTACCACC‑GCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTT > NC_007779/249304‑249773 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |