| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 3,382,468 | A→T | 11.1% | L138F (TTA→TTT) | degS → | outer membrane‑stress sensor serine endopeptidase DegS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,382,468 | 0 | A | T | 11.1% | 237.2 / 6.3 | 85 | L138F (TTA→TTT) | degS | outer membrane‑stress sensor serine endopeptidase DegS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/64); new base T (8/2); total (18/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |