| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 3,764,878 | C→T | 13.3% | A34T (GCA→ACA) | Y75_RS18670 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,764,878 | 0 | C | T | 13.3% | 1064.4 / 68.6 | 430 | A34T (GCA→ACA) | Y75_RS18670 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (184/185); new base T (3/56); total (189/241) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 435 total aligned reads displayed.
GTAAATTTCTTTTTCCCCGCATTTAAAACAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATACAGCCTGAAAGCATCAGCGCCAGTGGGAATAAACCGGCAGCCTTAAAAAATCCCTTAAAATTCAACTTCATGATTAATCCTTTAAACGAGTAGCTAAGCCGTTGAAAGCATACTCTTCTTTCCCTCCTGTTTAGCGCCTGATATCCCTTTTCAGATTTCTGCCCGACGCATGTCATTTTTTTATGCATTGTTCTTTTTGTGATCTAAAT > NC_007779/3764640‑3765115 | aaaTTTCTTTTTCCCCGCATTTAAAACAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGGCTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCgg < 2:507204/239‑1 (MQ=255) 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cATTTAAAACAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCa > 1:1795737/1‑239 (MQ=255) aTTTAAAACAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCAt < 2:620004/239‑1 (MQ=255) cAAATCTTGCGTCATCGGCAACCTGAATATTGTGCCGGTTAAGTGCTGGATCATTGAGCATCTTAACGATGTCATCGGCACCATCAGTGATAAGGTAATCCAGCGATTCCCCTACAAAAACATAGCCTTTTGTTCCATTACTATCTTTTGCCTGCGATAGCCCAGTGATGGTGTCTGACTGCGATTGATACTTTCCTGAACTACCCTTTGCGGTATGGGAAACCAGAGCATACGAGATa < 2:887998/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |