| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 3,787,934 | T→C | 5.7% | S102P (TCC→CCC) | ilvB → | acetolactate synthase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,787,934 | 0 | T | C | 5.7% | 780.3 / 2.6 | 274 | S102P (TCC→CCC) | ilvB | acetolactate synthase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (193/55); new base C (10/14); total (204/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GGAACAGCAGGGCATTAAGATTGTGACAGGCATTCCGGGCGGTTCTATCCTGCCTGTTTACGATGCCTTAAGCCAAAGCACGCAAATCCGCCATATTCTGGCCCGTCATGAACAGGGCGCGGGCTTTATCGCTCAGGGAATGGCGCG‑CACCGACGGTAAACC‑GGCGGTCTGTATG‑GCCTGTAGCGGACCGGGTGCGACTAACCTGGTGACCGCCATTGCCGATG‑CGCGGCTGGACTCCATCCCGCTGATTTGCATCACTGGTCAGGTT‑CCCGCCTCGATGATCGGCACCGACGCCTTCCAGGAAGTGGACACCTACGGCATCTCTATCCCCATCACCAAACACAACTATCTGGTCAGACATATCGAAGAACTCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCAAACGGCAGTTTTTGAGAT > NC_007779/3787699‑3788172 | ggAACAGCGGGAATTTAAGGTTGTGACAGCCATTCGGGGGGTTTTTCTCCGGCCTTTTTACGTGCCCTAAAGCCAAGGCACGAAAATCCGCCATATTCTGGCCCGTCATGAACAGGGCGCGGGCTTTATCGCTCAGGGAATGGCGCG‑CACCGACGGTAAACC‑GGCGGTCTGTATG‑GCCTGTAGCGGACCGGGTGCGACTAACCTGGTGACCGCCATTGCCGATG‑CGCGGCTGGACTCCa < 1:1568359/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |