Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,789,879 | A→G | 5.5% | E64G (GAG→GGG) | uhpA → | transcriptional regulator UhpA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,789,879 | 0 | A | G | 5.5% | 1176.9 / 4.0 | 383 | E64G (GAG→GGG) | uhpA | transcriptional regulator UhpA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (129/218); new base G (22/6); total (154/229) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
ATCGTTAAGGTAAGCGCGTATTTTTTTTA‑CCCGCCAGGACAAGACCATGATCACCGTTGCCCTTATAGACGATCACCTCATCGTCCGCTCCGGCTTTGCGCAGCTGCTGGGGCTGGAACCTGATTTGCAGGTAGTTGCCGAGTTTGGTTCGGGGCGCGAGGCGCTGGCGGGGCTGCCGGGGCGCGGTGTGCAGGTGTGTATTTGCGATATCTCCATGCCCGATATCTCCGGTCTGGAGCTGCTAAGCCAGCTGCCGAAAGGTATGGCGACGATTATGCTCTCCGTTCACGACAGTCCTG‑CGCTGGTTGAGCAGGCGCTTAACGCGGGGGCACGCGGCTTTCTTTCCAAACGCTGTAGCCCGGATGAACTCATTGCTGCGGTGCATACGGTTGCCACGGGCGGCTGTTATCTGACGCCGGATATTGCCATTAAACTGGCATCCGGTCGTCAGGACCCGCTAACCAAACGTGAACG > NC_007779/3789643‑3790116 | cGTTAAGGTAAGCGCGTATTTTTTTTA‑CCCGCCAGGACAAGACCATGATCACCGTTGCCCTTATAGACGATCACCTCATCGTCCGCTCCGGCTTTGCGCAGCTGCTGGGGCTGGAACCTGATTTGCAGGTAGTTGCCGAGTTTGGTTCGGGGCGCGAGGCGCTGGCGGGGCTGCCGGGGCGCGGTGTGCAGGTGTGTATTTGCGATATCTCCATGCCCGATATCTCCGGTCTGGAgctg < 2:1475613/239‑1 (MQ=255) tAAGCGCGTATTTTTTTTC‑CCCGCCAGGACAAGACCATGATCACCGTTGCCCTTATAGACGATCACCTCATCGTCCGCTCCGGCTTTGCGCAGCTGCTGGGGCTGGAACCTGATTTGCAGGTAGTTGCCGAGTTTGGTTCGGGGCGCGAGGCGCTGGCGGGGCTGCCGGGGCGCGGTGTGCAGGTGTGTATTTGCGATATCTCCATGCCCGATATCTCCGGTCTGGAGCTGCTAAGc < 1:703868/237‑1 (MQ=255) aggcgcGTTTTTTTTTGA‑CCCGCCAGGACAAGACCATGATCACCGTTGCCCTTATAGACGATCACCTCATCGTCCGCTCCGGCTTTGCGCAGCTGCTGGGGCTGGAACCTGATTTGCAGGTAGTTGCCGAGTTTGGTTCGGGGCGCGAGGCGCTGGCGGGGCTGCCGGGGCGCGGTGTGCAGGTGTGTATTTGCGATATCTCCATGCCCGAGATCTCCGGTCTGGAGCTGCTAAGCCAg < 1:878178/237‑1 (MQ=255) aaGCGCTTTTTTTTTTTC‑CCCGCCAGGACAAGACCATGATCACCGTTGCCCTTATAGACGATCACCTCATCGTCCGCTCCGGCTTTGCGCAGCTGCTGGGGCTGGAACCTGATTTGCAGGTAGTTGCCGAGTTTGGTTCGGGGCGCGAGGCGCTGGCGGGGCTGCCGGGGCGCGGTGTGCAGGTGTGTATTTGCGATATCTCCATGCCCGATATCTCCGGTCTGGAGCTGCTAAGCCAg < 1:2049722/239‑1 (MQ=255) 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ccatggtacccGGTGCCCTTATAGACGATCACCTCATCGTCCGCTCCGGCTTTGCGCAGCTGCTGGGGCTGGAACCTGATTTGCAGGTAGTTGCCGAGTTTGGTTCGGGGCGCGGGGCGCTGGCGGGGCTGCCGGGGCGCGGTGTGCAGGTGTGTATTTGCGATATCTCCATGCCCGATATCTCCGGTCTGGAGCTGCTAAGCCAGCTGCCGAAAGGTATGGCGACGATTATGctct < 2:1116107/228‑1 (MQ=255) ccATGATCACCGTTGCCCTTATAGTCGATCACCTCATCGTCCGCTCCGGCTTTGCGCAGCTGCTGGGGCTGGAACCTGATTTGCAGGTAGTTGCCGAGTTTGGTTCGGGGCGCGAGGCGCTGGCGGGGCTGCCGGGGCGCGGTGTGCAGGTGTGTATTTGCGATATCTCCATGCCCGATATCTCCGGTCTGGAGCTGCTAAGCCAGCTGCCGAAAGGTATGGCGACGATTATGctct < 1:922207/237‑1 (MQ=255) ccATGATCACCGTTGCCCTTATAGACGATCACCTCATCGTCCGCTCCGGCTTTGCGCAGCTGCTGGGGCTGGAACCTGATTTGCAGGTAGTTGCCGAGTTTGGTTCGGGGCGCGAGGCGCTGGCGGGGCTGCCGGGGCGCGGTGTGCAGGTGTGTATTTGCGATATCTCCATGCCCGATATCTCCGGTCTGGAGCTGCTAAGCCAGCTGCCGAAAGGTATGGCGACGATTATGctct < 1:1291170/237‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |