| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,790,748 | T→G | 5.4% | V157G (GTG→GGG) | uhpB → | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,790,748 | 0 | T | G | 5.4% | 751.0 / 2.3 | 248 | V157G (GTG→GGG) | uhpB | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/132); new base G (19/2); total (114/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.30e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GGTTTAACCCATTTTCCGTTATTGATGATCGGTAGTTTACTGACGTTACTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCAGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGAC‑GCTGGCCCCGATATGTCTGGT‑GTTCTGGCACTATCTCG‑CCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCC‑GT‑CACTGGTTTCTCAGCCAATCAACTGGCGC‑GGGCGACATCTGGTCTGGTACTTGCTG‑CTGTTTGTTATCAGTCTCTGGCT‑CCAGTTGGGATTGCCGGACGAACTGTCGCGCTTTACGCCATTCTGTCTGGCGCTGCCGATTATCGCGCTGGCCTGGCACTATGGTTGGCAAGGGGCGCTGATTGCGACGTTG > NC_007779/3790513‑3790986 | ttCCGTTGTTGATGAGCGTTGGTTTCCTGACGTTACTGCCCGTAGCGCGGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGCCTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCAGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGAC‑GCTGGCCCCGATATGTCTGGT‑GTTCTGGCACTAtctc < 2:12400/239‑1 (MQ=255) tCCGTTATTGATGATCGGTAGTTTACTGACGTTACTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCCCCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCAGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGAC‑GCTGGCCCCGATATGTCTGGT‑GTTCTGGCACTATCTCg < 1:2022285/239‑1 (MQ=255) tCCGTTATTGATGATCGGTAGTTTACTGACGTTACTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCAGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGAC‑GCTGGCCCCGATATGTCTGGT‑GTTCTGGCACTATCTCg < 1:1572361/239‑1 (MQ=255) cGTTATTGATGATCGGTAGTTTACTGACGTTACTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCCGTCGCTGCCCTGGCCTTGGCACGGCCCAGAGTCGCGGGATGAGCTGTTGCTGTCTTTAACTGGCGGCCTGAC‑GTCGTCCCCGCTATGTCTGGC‑GTTCTGGCACCATCTCG‑c > 2:197557/1‑238 (MQ=255) cGTTATTGATGATCGGTAGTTTACTGACGTTACTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGGTGTTGCAGTCGCCGCCCTGGCGTTGGGCCGGCAAAGAGTCGTGGCATGCGCTGTTGCTGACTTTTACTGGGGGCCCCGA‑GCTGGCCCCCAAATGTCTCGT‑GTGTTGTCACTATATCG‑c > 2:1600211/1‑238 (MQ=255) gatCGGTAGTTTACTGACGTTACTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCAGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGAC‑GCTGGCCCCGATATGTCTGGT‑GTTCTGGCACTATCTCG‑CCAATAaca > 1:100554/1‑236 (MQ=255) gTAGTTTACTGACGTTACTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCAGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGAC‑GCTGGCCCCGCTATGTCTGGG‑GTTCTGGCCCTATCTCG‑CCCATAACACCTgggt > 1:303125/1‑236 (MQ=255) 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ttACTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTTGTGCAGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGAC‑CCCGGCCCCGGTATGTCTGGTGGTTTTGGC‑CGATCTCC‑CCAACACCACCCGGCTCCCCCCCGGttctg > 2:1085763/1‑234 (MQ=255) aCTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTTTTGCCGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCCCGGCAAAGAGTCGTGGGATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCCGAC‑GCTGGCCCCGATATGGCTGGT‑GTTTTTGCACTAACTCGCCCATTAACACCGGGC‑GCCGCCCGGGcccgtc > 2:1047808/1‑234 (MQ=255) aCTGCCCGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCCGTCGCCGCCCCGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGGGGAATGGGCTGTTGCTCACTTTAACTGGCGGCCAGAC‑GCCGGCCCCGGTATGTTTGGT‑GTTCTGGCACTATCGCG‑CCCACAACACCTGCGTGCCggccgggcc‑ggtc > 2:826038/1‑235 (MQ=255) cGTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCAGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGAC‑GCTGGCCCCGATATGTCTGGG‑GTTCTGGCCCTATCTCG‑CCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCC‑GT‑CACTGGtt > 1:920116/1‑238 (MQ=255) gTAGCGCTGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCAGGCGCTTCCCTGGTCTTGGGCCGGCAAAGAGTCGGGGAATGGGCTGGTGCTGACCTTAACTGGCGGCCTTCCGGCGAGCCCGCATATG‑CTGGG‑GGTTTGGGCGCATCTCC‑CCAATCACCCCTGGCGTCCGCTCGGTCC‑GT‑CACttggtt > 2:1019291/1‑233 (MQ=255) tGATCTCGCGCTATCGCCATCAGCGTGACTGGCGCACCTTGCTGTTACAGGGGGCGGCGTTAACGGCGGCGGCGTTGTTGCAGTCGCTGCCCTGGCTTTGGCACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGAC‑GCTGGCCCCGATATGTCTGGT‑GTTCTGGCACTATCTCG‑CCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCC‑GT‑CACTGGTTTCTCAGCCa < 1:1041168/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |