Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,858,494 | T→G | 14.1% | V214V (GTT→GTG) | cysE → | serine O‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 3,858,494 | 0 | T | G | 14.1% | 540.4 / 8.9 | 201 | V214V (GTT→GTG) | cysE | serine O‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (111/51); new base G (2/36); total (113/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TCTGTGACGTTCCAGGTCGATATTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTG‑CAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCACCCGAAAATTCGT‑GAAGGT‑GTGATGA‑TTGGCGCGGGCGCGAAAATCCTCGGCAA‑TATTGAAGTT‑GGGCGCGGCGCGAAGATTGGCGCAGGTTCCGTGGTGC‑TGCAACCGGTGCCGCCGCATACCACCGCCGCTGGCGTTCCGGCTCGTATTGTCGGTAAACCAGACAGCGATAAGCCATCAATGGATATGGACCAGCATTTCAACGGTATTAACCATACATTTGAGTATGGGGATGGGATCTAATGTCCTGTGATCGTGCCGGATGCGATGTAATCATCTATCCGGCCTACAGTAACTAAT > NC_007779/3858261‑3858731 | gACGTTCCAGGTCGATATTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTG‑CAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCACCCGAAAATTCGT‑GAAGGT‑GTGATGA‑TTGGCGCGGGCGCGAAAATCCTCGGCAA‑TATTGAAGTT‑Gggcgcggc < 1:493995/238‑1 (MQ=255) cGTTCCAGGTCGATATTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTG‑CAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCACCCGAAAATTCGT‑GAAGGT‑GTGATGA‑TTGGCGCGGGCGCGAAAATCCTCGGCAA‑TATTGAAGTT‑GGgcgcggcgcg < 2:1360448/239‑1 (MQ=255) cGTTCCAGGTCGATATTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAAAACCGTATTGTTTCTG‑CCATCTTTGACGCTTGGCGGGACGGGTGAATCTGGTGGTGACCGTTGCCCGCACATTTGT‑GAAGGT‑GGGGTGA‑TTTGCGGCGGCGCCAACATCATCCGCAC‑CATTTCAGGT‑GGggccggcgcg > 2:1238644/1‑239 (MQ=255) gTTCCAGGTCGATAGTCACCCGGCAGCAAAAATTGGTCGCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGGTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAGCGACGTATCGGTTCTG‑CAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTTGTGACCGTCACCCGAAAATTAGT‑GATGGT‑GTGATGA‑TTGGCGCGGGCGCGAAAATCCTCGGCAA‑TATTGAATTT‑TGgcgcgtcgcg < 2:279392/238‑1 (MQ=255) 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NC_007779/3858261‑3858731 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |