| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 3,908,695 | G→T | 16.2% | A197E (GCA→GAA) | Y75_RS19370 ← | D‑xylose ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,908,695 | 0 | G | T | 16.2% | 813.0 / 36.9 | 304 | A197E (GCA→GAA) | Y75_RS19370 | D‑xylose ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/179); new base T (48/4); total (121/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
CTGCGGCAGTATTTGCCAACAACGTAATAGGTTTATACACCGTCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGCGGTTAGCGCGTTTTCCATAATTTTCAATGCGTTTTCCGGTAACCAGCCAT‑C‑AACCCA‑TTGGTCACCAAC‑GAC‑TTTAATTTTTCCGGAATC‑AACGTAAGGTTTTAACACTTTCATTTGTCCGGCGCGGAACAGCTTGGCGTTGTTATCTACCGGCG‑AGCCGCCCATCAGGAAGTAATTACCTTGCGGAACAATATCGACCAGGGCTTTTGCCTGCAGTTCACCGACTTTTTCGTTATCGAAAGAAATATAAAAATCGATATCCGCATC > NC_007779/3908459‑3908933 | cTGCGGCAGTATTTGCCAACAACGTAATAGGTTTATACACCGTCATAGTTTGCGTACCGGCAGCAATACGTTTAATACCTGCGAGATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGAATTGCCCCACCTGCGGTGGCATCGTTTGAGGCAACTACAGCATCAATTTTGTTATTATTGGCGGTTAGCGCGTTTTCCATAATTTTCAATGCg < 1:1689477/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |