| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,935,491 | T→G | 6.4% | G289G (GGT→GGG) | dppB → | dipeptide ABC transporter permease DppB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,935,491 | 0 | T | G | 6.4% | 1136.4 / 4.1 | 348 | G289G (GGT→GGG) | dppB | dipeptide ABC transporter permease DppB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/267); new base G (43/2); total (79/269) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-30 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
TGGGTACTATTCCGCTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑ATTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGCAACGCCGCGACTATCCGGTAGTGCAGGGCGGCGTATTGCTGGTGGCGACGATGA‑TTATCCTCGTCAACTTGCTGGTCGATCTGCTGTACGGCGTGGTGAACCCGCGTATTCGTCATAAGAAGTAAGGGGACATCATGT‑CACAGGTTACTGAAAAT‑AAAGTGATTAGCGCACCGGTGCCGATGACCCCGTTACAGGAGTTCTGGCA > NC_007779/3935259‑3935724 | gTACTATTCCGCTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑ATTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGTCTGGGACg < 1:42830/238‑1 (MQ=255) cTATTCCGCTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑ATTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGTCTGGGACGCTgg < 1:1777787/239‑1 (MQ=255) ttCCGCTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGGGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGGGGTGACCGTTATCGGCCTGCCGGCGGGAACATTGCTGGCGGGGGGG‑GGTCTGTCCGAAAACACCTCTTCGTGGGCCC‑GGTCggggggctgggtg > 1:572368/1‑230 (MQ=255) cTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGGG‑GTTCTGGCCGGAAACATCTTCTCCT‑GGGCC‑GGGCTGGGGCGCTGGgtggttta > 1:146489/1‑237 (MQ=255) cTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑GGTCTGTCCGAAAACATCTTTTCGT‑GGCCC‑CGGCTGGGGGGCTGGgtggttg > 1:443397/1‑238 (MQ=255) cTGGCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAAAATTGCTGGCGGGGGGG‑GTTTTGACCGACACCATCTTTTAGT‑GGTCC‑CGGCTGGGGCGACGGgtgagtga > 1:1724422/1‑239 (MQ=255) gCGGTCATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGGG‑GTTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGGCTGGGGGGCTGGTTGGTTGACg > 1:1983220/1‑238 (MQ=255) cATTGTGCGTTTGACCCGCTCCTCGTTGCTGGAATTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGAGTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑ATTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGc < 2:1985362/239‑1 (MQ=255) cATTGTGCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑ATTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGc < 1:1538143/239‑1 (MQ=255) gCGTATGACACGCTCCTCGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑ATTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGCAAcgc < 1:2031501/238‑1 (MQ=255) 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cGATGCTGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑GTTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGGCTGGGACGCTGGGTGAATGGCGCACCGCAACGCCGCGCCTATcccggaggg > 1:2163955/1‑232 (MQ=255) tGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGTGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑ATTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGCAACGCCGCGACTATCCGGTAGTGCAggg < 1:467086/238‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCTGGGCGAGGATTACATCCGCACCGCGCGCGCCAAAGGGCTAACCCGCATGCGGGTGATTATCGTCCATGCGCTGCGTAACGCGATGCTGCCGGTGGGGACCGTTATCGGCCTGCAGGTGGGAACATTGCTGGCGGGGGCG‑ATTCTGACCGAAACCATCTTCTCGT‑GGCCC‑GGTCTGGGACGCTGGTTGATTGACGCACTGCAACGCCGCGACTATCCGGTAGTGCAggg < 1:2210064/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |