| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 3,936,281 | A→T | 5.7% | N210Y (AAC→TAC) | dppC → | dipeptide ABC transporter permease DppC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 3,936,281 | 0 | A | T | 5.7% | 1124.7 / 5.6 | 360 | N210Y (AAC→TAC) | dppC | dipeptide ABC transporter permease DppC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/228); new base T (23/2); total (130/230) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
TAACATCATTATGCGCGTGGTCGATATCATGCTGGCGCTGCCAA‑GTCTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGGTGGCAATTTTCGGCCCGTCGATTGGTAACGCCGCGCTGGCACTGACCTTCGTTGCCTTGCCGCACTATGTGCGC‑TTAACCCGCGCCGCCGTGCTGGTGGAAGTTAACCGCGATTACGTCACCGCGTCTCGCGTGGCGGGTGCCGGGGC‑GATGCGTCAGAT‑GTTTATTAACA‑TCTTCCCGAACTGCCTTGCGCCGCTGATTG‑TTCAGGCGTCGCTCGGTTTCTCTAACGCCATTCTCGATATGGCTGCTCTTGGTTTCCTCGGCATGGGGGCACAGCCGCCAACGCCTGAGTGGGGCACCATGCTCTCCGACGTGTTGCAGTTCGCGCAAAGCGCCTGGTGGGTCGTGACCTTCCCGGGTCTGGCGATCCTGCTGACGGTGCTGGCATTTAACCTGATGGGTGACGG > NC_007779/3936046‑3936519 | tAACATCATTCTGCGCGTGGTCGATTTCATGCTGGCGC‑GCCAAGGTCTGCTGCTGGCGTTGGTGCTGGTGGCAATTTTCGGCCCGTCGATTGGTAACGCCGCGCTGGCACTGACCTTCGTTGCCTTGCCGCACTATGTGCGC‑TTAACCCGCGCCGCCGTGCTGGTGGAAGTTAACCGCGATTACGTCACCGCGTCTCGCGTGGCGGGTGCCGGGGC‑GATGCGTCAGAT‑GTTTATTAACa < 2:1944234/239‑1 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aTGCGCGGGGTCGATATCATGCTGGCGCTGCCAA‑GTCTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGGTGGCAATTTTCGGCCCGTCGATTGGTAACGCCGCGCTGGCACTGACCTTCGTTGCCTTGCCGCACTATGTGCGC‑TTAACCCGCGCCGCCGTGCTGGTGGAAGTTAACCGCGATTACGTCACCGCGTCTCGCGTGGCGGGTGCCGGGGC‑GATGCGTCAGAT‑GTTTATTAACA‑TCTTCCCGaa < 2:852188/239‑1 (MQ=255) cgcgTGGTCGATATCATGCTGGCGCTGCCAA‑GTCTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGGTGGCAATTTTCGGCCCGTCGATTGGTAACGCCGCGCTGGCACTGACCTTCGTTGCCTTGCCGCACTATGTGCGC‑TTAACCCGCGCCGCCGTGCTGGTGGAAGTTAACCGCGATTACGTCACCGCGTCTCGCGTGGCGGGTGCCGGGGC‑GATGCGTCAGAT‑GTTTATTAACA‑TCTTCCCGAACt > 1:1593625/1‑238 (MQ=255) cgcgTGGTCGATATCATGCTGGCGCTGCCAA‑GTCTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGGTGGCAATTTTCGGCCCGTCGATTGGTAACGCCGCGCTGGCACTGACCTTCGTTGCCTTGCCGCACTATGTGCGC‑TTAACCCGCGCCGCCGTGCTGGTGGAAGTTAACCGCGATTACGTCACCGCGTCTCGCGTGGCGGGGGCCGGGGC‑GAGTGGTCCGGA‑GTTTTTTAAAA‑TCGTCCCGaaat > 2:675276/1‑236 (MQ=255) 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1:1960585/1‑190 (MQ=255) attaACA‑TCTTCCCGAACTGCCTTGCGCCGCTGATTG‑TTCAGGCGTCGCTCGGTTTCTCTAACGCCATTCTCGATATGGCTGCTCTTGGTTTCCTCGGCATGGGGGCACAGCCGCCAACGCCTGAGTGGGGCACCATGCTCTCCGACGTGTTGCAGTTCGCGCAAAGCGCCTGGTGGGTCGTGACCTTCCCGGGTCTGGCGATCCTGCTGACGGTGCTGGCATTTAACCTGATGGGTg > 2:1923848/1‑238 (MQ=255) | TAACATCATTATGCGCGTGGTCGATATCATGCTGGCGCTGCCAA‑GTCTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGGTGGCAATTTTCGGCCCGTCGATTGGTAACGCCGCGCTGGCACTGACCTTCGTTGCCTTGCCGCACTATGTGCGC‑TTAACCCGCGCCGCCGTGCTGGTGGAAGTTAACCGCGATTACGTCACCGCGTCTCGCGTGGCGGGTGCCGGGGC‑GATGCGTCAGAT‑GTTTATTAACA‑TCTTCCCGAACTGCCTTGCGCCGCTGATTG‑TTCAGGCGTCGCTCGGTTTCTCTAACGCCATTCTCGATATGGCTGCTCTTGGTTTCCTCGGCATGGGGGCACAGCCGCCAACGCCTGAGTGGGGCACCATGCTCTCCGACGTGTTGCAGTTCGCGCAAAGCGCCTGGTGGGTCGTGACCTTCCCGGGTCTGGCGATCCTGCTGACGGTGCTGGCATTTAACCTGATGGGTGACGG > NC_007779/3936046‑3936519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |