| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 3,953,876 | A→G | 8.9% | S879G (AGC→GGC) | bcsC → | cellulose biosynthesis protein BcsC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,953,876 | 0 | A | G | 8.9% | 497.4 / 6.3 | 204 | S879G (AGC→GGC) | bcsC | cellulose biosynthesis protein BcsC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (96/84); new base G (16/6); total (114/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TACTCCGATCTGAAAGCGCACACTACCATGTTGCAGGTGGATGCGCCGTATTCTGACGGGCGGATGTTCTTTCGCAGTGATTTCGTCAATATGAACGTCGGCAGTTTCTCCACTAATGCCGATGGCAAATGGGATGACAACTGGGGCACCTGTACATTACAGGACTGTAGCGGCAACCGCAGCCAGTCGGATTCCGGTGCCAGCGTGGCGGTCGGCTGGCGAAATGACGTCTGGAGCTGGGATATCGGTACCACGCCGATGGG‑CTTCAACGTGGTGGATGTGGTCGGCGGCATCAGTTACAGCGATGATATCGGGCCGCTGGGTTACACCGTTAACG‑CCCACCGTCGGCCCATCTCCAGTTCTTTGCTGG‑CCTTTGGTGGGCAAAAAGACTCCCCGAGCAATACCGGGAAAAAATGGGGTGGCGTACGTGCCGACGGTGTGGGGCTAAGTCTGAGCTACGATAAAGGTGAAG > NC_007779/3953642‑3954113 | gATCTGAAAGCGCACACTACCATGTTGCAGGTGGATGCGCCGTATTCTGACGGGCGGATGTTCTTTCGCAGTGATTTCGTCAATATGAACGTCGGCAGTTTCTCCACTAATGCCGATGGCAAATGGGATGACAACTGGGGCACCTGTACATTACAGGACTGTAGCGGCAACCGCAGCCAGTCGGATTCCGGTGCCAGCGTGGCGGTCGGCTGGCGAAATGACGTCTGGAGCTGGGatat < 1:1263302/239‑1 (MQ=255) gATCTGAAAGCGCACACTACCATGTTGCAGGTGGATGCGCCGTATTCTGACGGGCGGATGTTCTTTCGCAGTGATTTCGTCAATATGAACGTCGGCAGTTTCTCCACTAATGCCGATGGCAAATGGGATGACAACTGGGGCACCTGTACATTACAGGACTGTAGCGGCAACCGCAGCCAGTCGGATTCCGGTGCCAGCGTGGCGGTCGGCTGGCGAAATGACGTCTGGAGCTGGGata > 1:142125/1‑238 (MQ=255) tCTGAAAGCGCACACTACCATGTTGCAGGTGGATGTGCCGTATTCTGACGGGCGGATGTTCTTTCGCAGTGATTTCGTCAATATGAACGTCGGCAGTTTCTCCACTAATGCCGATGGCAAATGGGATGACAACTGGGGCACCTGTACATTACAGGACTGTAGCGGCAACCGCAGCCAGTCGGATTCCGGTGCCAGCGTGGCGGTCGGCTGGGGGAATGACGGCCTGGGCTGGGGTAACg > 2:489771/1‑239 (MQ=255) gcccacTACCAGGTTGCCGGTGGATGCGCCGTATTCTGACGGGCGGATGTTCTTTCGCAGTGATTTCGTCAATATGAACGTCGGCAGTTTCTCCACTAATGCCGATGGCAAATGGGATGACAACTGGGGCACCTGTACATTACAGGACTGTAGCGGCAACCGCAGCCAGTCGGATTCCGGTGCCAGCGTGGCGGTCGGCTGGCGAAATGACGTCTGGAGCTGGGATATCGGTACCACGc < 2:1057620/236‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |