| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 4,323,045 | T→C | 11.9% | E133G (GAG→GGG) | phnK ← | phosphonate C‑P lyase system protein PhnK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,323,045 | 0 | T | C | 11.9% | 333.5 / 6.5 | 133 | E133G (GAG→GGG) | phnK | phosphonate C‑P lyase system protein PhnK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/39); new base C (7/11); total (83/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCTCTTCCA‑GCCACT‑TCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGATGCACCACGCCCCATTCGGTACGCAGCAGGCGACGGCGGTCGGCCTCGCTCATTGCATACAGCG‑AACGGTTCTCGTA‑GTGAATTTCCCCCTGCTGCGGCGTCAG > NC_007779/4322807‑4323280 | cagcggGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCCCCACCGCGGGGTTCAGCTCCACCCCCAGGCCGCGCAGCGGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑tct < 1:1583720/239‑1 (MQ=255) cGCCTAATACGTGGGGGACAATCCCCCCCGCGGGGTTCAGCTCCCCCCCCAGGCCGCGCAGCAGGGCGAGCAGGCGGGCCTGCCCCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCTCTTCCA‑g < 1:2164022/238‑1 (MQ=255) cGCCTAAATCAGGGGTGACAACCCCCCCCGAGAGGTCCAGCTCCACCCCCGGCCCGCGCACCAGGCCGAGCAGGCGGGCCGGCCCCGACACATCCACCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCAGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCTCTTCCA‑Gc < 1:729729/239‑1 (MQ=255) ccaaaaTCATGGGTGCCAACCCCCCCCGCGGGGTTCAGCCCCCCCCCCAGGCCGCGCAGCGGGTCGGGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCTCTTCCA‑GCCa < 1:1324265/236‑1 (MQ=255) tGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGGCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAAAGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGGGGTC‑GGCAGGTCGACCATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCCACTCTTCCA‑GCCCCT‑TCTgcg > 2:1242775/1‑238 (MQ=255) ggTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTA‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCTCTTCCA‑GCCACT‑TCTGCGCgg > 1:1178365/1‑239 (MQ=255) ggTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGGTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGGC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCCCTTCCA‑GGCACT‑TCTGCGCgg > 1:69216/1‑239 (MQ=255) 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ccaccaGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGGCGGCTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGAAGCGTCACCCGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCCGCTGCCTACCCCCCGACAAGGGGGGC‑CGCCGGCCCGCGGTCCGGGTGGCGGGGA‑TCTCCACCCCTTTCC‑GCCCCT‑TCCGCGCGGTGGGCCGCAAATCCCCCGTATGACGTCccccc > 2:659464/1‑238 (MQ=255) aGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCCCTTCCA‑GCCACT‑TCTGCGCGGTGGCCCGAATATCGCCGTAATTACGTGCCCCgcgcg > 2:2087999/1‑234 (MQ=255) aGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGGCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCTCTTCCC‑GCCACT‑TCTGCGCGGTGGCACGAAAATCGCCGTAATGACCGGCCCCGGTCg > 2:1804043/1‑238 (MQ=255) 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cATCCATAAACCCCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGGGGGCAATCTGCAAACGCTGCTCCTTCCCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGCCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCCCTTCCA‑GCCACT‑TCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGa < 1:170789/239‑1 (MQ=255) cATCCATAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCTCCAGGTTGCGGCCAATCTGCAAACGCTGCGGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCCCCTCTTCCA‑GCCTCT‑TCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGa < 1:1242775/239‑1 (MQ=255) tAAACACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCTCTTCCA‑GCCACT‑TCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGCCTGCCGACACCTGGCGGCGCAGGCCGTCGAGTGGATGCTGa > 1:1776576/1‑239 (MQ=255) aaaCACCAGCTT‑CGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTC‑GGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAA‑TCTCCACCTCtt < 1:1585045/116‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |