| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 4,425,863 | A→C | 13.0% | T402P (ACC→CCC) | ulaA → | PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 4,425,863 | 0 | A | C | 13.0% | 321.2 / 8.3 | 123 | T402P (ACC→CCC) | ulaA | PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/16); new base C (2/18); total (85/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAA‑ACTCACCGGTATGAGTGCC‑TGGATGGGCATGGCGGACTGG‑TCGATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGG‑CTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTGGCTGTGTGTGG > NC_007779/4425627‑4426101 | cGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAA‑ACTCAc < 1:1493507/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |