| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 4,425,872 | A→G | 11.7% | S405G (AGT→GGT) | ulaA → | PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 4,425,872 | 0 | A | G | 11.7% | 324.1 / 3.9 | 123 | S405G (AGT→GGT) | ulaA | PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (85/19); new base G (2/16); total (88/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAA‑ACTCACCGGTATGAGTGCC‑TGGATGGGCATGGCGGACTGG‑TCGATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGG‑CTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTGGCTGTGTGTGGCAACGGACA > NC_007779/4425635‑4426110 | gTCTGGGGCTGTATGGGGGGCACCCTCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGTTGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCTCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAA‑ACTCACCGGTATGAGTg < 2:1561964/238‑1 (MQ=255) 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ttATGTGGGGCACCCCCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGCTGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCAGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGCAGATGTGTCTGGTGATGGGGTTGATCGAAAGCTTTGGTTGCTGCTAGGCGGCGGA‑ACTCGTCGCGATGGGTGCC‑TGGATGTGc > 2:1553005/1‑239 (MQ=255) tATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAA‑ACTCACCGGTATGAGTGCC‑TGGATGGGCa > 1:1383679/1‑239 (MQ=255) tgCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGACTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTTCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGGCCGGGGATGGGGATGAATGGAATCTTTGGTTGCGTCGGGGCGGTGAAGCCTCACGGGACTG‑GTGCC‑TGGATGGGCATTGccgc > 2:880548/2‑236 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |