Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_007779 | 4,435,025 | A→G | 10.5% | E161G (GAG→GGG) | cycA → | D‑serine/D‑alanine/glycine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_007779 | 4,435,025 | 0 | A | G | 10.5% | 435.2 / 6.9 | 165 | E161G (GAG→GGG) | cycA | D‑serine/D‑alanine/glycine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/82); new base G (18/2); total (80/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TGGAATACAAATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACG‑CTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATGATCAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGATGCACTTTCAGTCACCGACTGGTGTGGAA‑GCGTCATTCGCGCATTTGTGGAATGACGGCGGCTGGTTCCCGAAAGGTTTAAGTGGCTTCTTTGCCGGATTCCAGATAGCGGTTTTCGCTTTCGTGGGGATTGAGCTGGTAGGTACAACAGCTGCGGAAACCAAA > NC_007779/4434788‑4435260 | tGGAATACAAATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACG‑CTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAg > 1:1824089/1‑239 (MQ=255) 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aTCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGGGATAGTGCTGCTGCTGACG‑CCCCATCCCGCCCCCGGTAAAATGTTCGGTGGGGTGGGGGTCTTGTTTg > 2:1781006/1‑239 (MQ=255) ctcttAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATCTTTCAACGGCTTGACGTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGGCGCCTCGCTGGCGGTGATGGTGCTGCTGCTGACG‑CTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCg < 2:472940/236‑1 (MQ=255) cgtttAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTGCTGCTGCTGACG‑CTCAATCTCGCCACCGTGAAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCg < 1:1309036/237‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |