Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 82,766 | A→G | 11.7% | L255P (CTC→CCC) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 82,766 | 0 | A | G | 11.7% | 308.0 / 5.7 | 127 | L255P (CTC→CCC) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/79); new base G (14/2); total (45/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CCCGAACGAGAGGTCAGATTCAGCTGGATTTGGTTCAGACCAATAGATTCTGGTGTCATGATTTCGTAGTTTTCGCGGTTTTTCAGCACGCCATCCTGGTGTATACCGGAGGAGTGTG‑CGAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTTG‑CCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGT‑GGACGTTG‑AGAATATCCTTACGA‑ACTTTGATCG‑CCAT‑GATGACTTCTTCC‑AGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGA‑TCCCGTTCA‑TTGCGCCTTCCACCT‑GGCGTGCAC‑CGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCA > NC_007779/82532‑83003 | cccGAACGAGAGGTCAGATTCAGCTGGATTTGGTTCAGACCAATAGATTCTGGTGTCATGATTTCGTAGTTTTCGCGGTTTTTCAGCACGCCATCCTGGTGTATACCGGAGGAGTGTG‑CGAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTTG‑CCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGT‑GGACGTTG‑TGaag > 2:2011613/1‑238 (MQ=255) ggTCAGATTCAGCTGGAGTTGGTTCAGACCAATAGATTCTGGTGTCATGATTTCGTAGTTTTCGCGGTTTTTCAGCACGCCATCCTGGTGTATACCGGAGGAGTGTG‑CGAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTTG‑CCGGGATCGGCATATTACAAATATGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGGGATTAATGGCGGTGT‑GGACGTTG‑AGAATATCCTTACGa < 2:1156499/238‑1 (MQ=255) aGCTGGATTTGGTTCAGACCAATAGATTCTGGTGTCATGATTTCGTAGTTTTCGCGGTTTTTCAGCACGCCATCCTGGTGTATACCGGAGGAGTGTG‑CGAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTTG‑CCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGG‑GGGCGGTGTGGAATATCTTCACCA‑Attttattc > 2:651058/1‑234 (MQ=255) ggATTTGGTTCAGACCAATAGATTCTGGTGTCATGATTTCGTAGTTTTCGCGGTTTTTCAGCACGCCATCCTGGTGTATACCGGAGGAGTGTG‑CGAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTTG‑CCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGT‑GGACGTTG‑AGAATATCCTTACGA‑ACTTTGATCG‑CCat‑g < 1:676359/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |