| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 871,774 | A→G | 17.1% | D129G (GAT→GGT) | gsiC → | glutathione ABC transporter permease GsiC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 871,774 | 0 | A | G | 17.1% | 423.7 / 16.9 | 173 | D129G (GAT→GGT) | gsiC | glutathione ABC transporter permease GsiC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/108); new base G (31/2); total (61/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATT‑ATCGCCGCCGTCT‑GGCGTAACCG‑TTGGCCGGATCGATTGAGTA‑TG‑ACCATTG‑CGGTGTCGGGGATCTC‑GTTTCCGG‑CATTTGCTC‑T‑GGGGA‑TGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGC‑TGG‑CTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCG > NC_007779/871536‑872005 | cTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGGAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGTTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATT‑ATCGCCGCCGTCT‑GGCGTAACCG‑TTGGCCGGa < 1:959505/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |