Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 959,499 | A→G | 17.5% | E89G (GAG→GGG) | aroA → | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 959,499 | 0 | A | G | 17.5% | 216.1 / 9.0 | 92 | E89G (GAG→GGG) | aroA | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/57); new base G (15/2); total (32/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.74e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCC‑GATT‑GGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATC‑ACTTACCTGGAACAAG‑AAAATTATCCGCCGTTGCGTTTACAGGGCGGCTTTACTGGCGGCAACGTTGACGTTGATG > NC_007779/959263‑959729 | tCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAgt < 1:2216093/239‑1 (MQ=255) ggATGGCACTAGTAAGCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTATCCTCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCGGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGGCTTGGAGTTGTTc < 2:1221036/237‑1 (MQ=255) cTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCCGAAAGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCCGGAACGCCgggaa > 1:1934528/1‑236 (MQ=255) cccGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGc > 1:1892160/1‑239 (MQ=255) cccGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCAATACACCCCGAAGGTGCCCTGGGGGTGTTCCTCGGGaaaccccgcacgg > 1:536592/1‑227 (MQ=255) ccGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCa < 2:417389/239‑1 (MQ=255) gCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCTGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCTGAACGGCAATGCGTCCGCt < 1:2123827/238‑1 (MQ=255) gCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGGGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCt < 1:2117842/238‑1 (MQ=255) gTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGGGTGGGTTCTCGGTAATGCCGGAACGGGAAAGCGGCCGCTggc > 1:516314/1‑239 (MQ=255) tCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTggcggc < 1:348226/239‑1 (MQ=255) 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cggcATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCaa < 1:1955722/238‑1 (MQ=255) cggcATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCaa < 2:1250909/238‑1 (MQ=255) cggcATGAGCACACGGCAAAACAGTAGTAACCAATCTGCCGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGTGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGaaa < 2:320112/238‑1 (MQ=255) ggcATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATg < 1:252685/239‑1 (MQ=255) ggcATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCAATACACGCAGAAGGGGCCCTGGGGGTGTTTCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCCCCGGGGGCAGGCCCTTGTCTGGGGAGCAATg > 1:1269343/1‑239 (MQ=255) aTTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCACTGata < 1:2055343/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |