| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 1,618,142 | G→T | 10.5% | W222C (TGG→TGT) | yneK → | putative protein YneK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,618,142 | 0 | G | T | 10.5% | 349.1 / 6.7 | 117 | W222C (TGG→TGT) | yneK | putative protein YneK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/40); new base T (2/12); total (65/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CCGGCGTCGAGCGTGTACTCTTTCTGTTTCTGAATGATTTTATTGAACAATTTCCAATGATCAACCCTGGTGTTCCCATCAAAAGAGCGCATACACCACATATTGAACCC‑CTGCCTTCGGATCACCATACCGCTGCAGATTACTTACGCCAGTTTG‑ATTTGCTTGTCCTGAATTTTATCTCTCGCGGTAATTTTGTCATACTCCCCCGATTATGGAATAACTCTGAGGTTCACAGATGGTTCGTCAATAAAGATCCTAACTTGATCACCGCCATTCTCGACATAACGGACAGCGAATTAAAAGAGGATTTGTTGCAAAGCCTGATGGATTCATTAGGTTCTAACAAACATGTACTACCCGAAGTCTGCATCTGCTTTTTATCCCTTTTAGCAGAACAAGAATCTCCTCATTTTCAGAACTTGTTTTTATTTTTCGCCAATATGTTATTGCACTATCACCAATTTATGAATCCCAATG > NC_007779/1617904‑1618380 | ccGGCGTCGAGCGTGTACTCTTTCTGTTTCTGAATGATTTTATTGAACAATTTCCAATGATCAACCCTGGTGTTCCCATCAAAAGAGCGCATACACCACATATTGAACCC‑CTGCCTTCGGATCACCATACCGCTGCAGATTACTTACGCCAGTTTG‑ATTTGCTTGTCCTGAATTTTATCTCTCGCGGTAATTTTGTCATACTCCCCCGATTATGGAATAACTCTGAGGTTCACAGATgg < 1:639340/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |